结论前置：公司之间的代收代付业务在符合相关法律法规和监管要求的前提下是合法的，但具体合法性需根据业务实际情况及法律法规的具体规定来判断。以下从多个角度进行详细分析：
一、合法性基础与法律依据
《民法典》的支撑：
- 根据《中华人民共和国民法典》第九百一十九条，委托合同是委托人和受托人约定，由受托人处理委托人事务的合同。代收代付业务若基于有效的委托合同，且受托人按照约定履行代收代付义务，则这种民事行为是合法的。
金融机构的合法业务：
- 经国家有关部门批准的金融机构，如商业银行或支付机构，可以开展代收代付业务。这些业务通常遵循《商业银行法》《支付结算办法》以及《非银行支付机构网络支付业务管理办法》等法律法规。例如，商业银行或支付机构根据与企业签订的协议，提供代发工资、代收水电费等服务，这些都是常见且合法的金融服务。
二、合法性条件与要求
合法委托授权：
- 代收代付行为必须基于合法的委托合同关系，委托方有真实的业务需求，受托方按照约定处理事务。这要求双方签订明确的合同或协议，规定双方的权利义务、费用标准、结算方式等条款。
机构资质合规：
- 开展代收代付业务的机构需具备相应资质。非金融机构或未获得相应牌照的公司，擅自从事经常性的、经营性的代收代付业务，可能构成非法金融活动。根据《非法金融机构和非法金融业务活动取缔办法》，未经中国人民银行依法批准，任何单位和个人不得擅自设立金融机构或从事金融业务活动。
资金来源与用途合法：
- 代收代付的资金来源和去向必须合法，基于真实的交易或服务，且不得用于非法目的。例如，不得利用代收代付业务进行洗钱、逃税、诈骗等违法犯罪活动。
遵守反洗钱、反恐融资等法规：
- 支付机构在开展代收代付业务时，必须遵守反洗钱、反恐融资等法律法规的规定，对用户身份进行核实，对交易进行监控和报告。
税务合规：
- 代收代付的款项本身不涉及应税收入确认问题，但需根据税法规定进行相应的税务处理，如申报纳税、开具发票等。公司应确保不会因代收代付行为产生税务风险。
三、违法情形与风险提示
未经许可开展金融类代收代付：
- 非金融机构或未获得相应牌照的公司，擅自从事经常性的、经营性的代收代付业务，可能构成非法金融活动，面临法律制裁。
利用代收代付进行违法犯罪活动：
- 如果代收代付行为被用于洗钱、逃税、诈骗等违法犯罪活动，则是严重违法的。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，相关责任人可能面临刑事处罚。
违反外汇管理规定：
- 如果代收代付业务涉及跨境支付，还必须遵守相关的外汇管理规定。未经批准擅自进行跨境支付或违反外汇管理规定的，也可能面临法律制裁。
四、实务建议
谨慎选择合作机构：
- 公司在选择合作的代收代付平台时，应确保平台具备稳定可靠的支付通道和合法经营许可，以降低法律风险。
严格审核资金来源：
- 加强对资金来源的审核，确保资金合法合规，避免涉及非法资金。这有助于维护公司的声誉和避免法律纠纷。
完善内控制度：
- 建立健全内控制度，加强风险管理，确保业务操作合规性。例如，设立专门账户记录代收代付资金流动，定期与委托方和被支付方进行对账等。
持续关注法规变化：
- 随着法律法规的不断更新和完善，公司应持续关注相关法规变化，及时调整业务操作以符合最新要求。
总结：公司之间的代收代付业务在符合相关法律法规和监管要求的前提下是合法的。但为了确保业务的合法性和降低法律风险，公司应谨慎选择合作机构、严格审核资金来源、完善内控制度并持续关注法规变化。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。