结论：法人章在法律上并未明确规定只能有一个，但从法律合规性、公司内部管理及商业合作等多个角度考虑，建议公司应只刻制并使用一个经过备案的法人章，以确保其唯一性和权威性，避免潜在的法律风险和管理混乱。
一、法律合规性角度
刻制与备案要求：
- 根据《印章治安管理办法》第五条，任何单位和个人不得非法制作、使用印章，企业法人章的刻制需到公安机关批准的刻制单位进行，并取得印章准刻证。这一流程确保了法人章的合法性和唯一性。
- 虽然法律并未直接规定公司只能有一个法人章，但公章的管理办法及合同法等相关法律原则均强调公章（包括法人章）的唯一性。多个法人章可能导致公司行为的混乱和不确定性，增加法律风险。
法律责任：
- 民事责任：若存在两个法人章，在对外签订合同等民事活动中可能引发合同效力的争议，企业可能因此承担违约责任。
- 行政处罚：违反《印章治安管理办法》第五条的，除收缴非法印章外，还可能面临二千元以上一万元以下的罚款，并没收非法所得。
- 刑事责任：私自刻制多个法人章，情节严重的可能构成伪造公司印章罪，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金。
二、公司内部管理角度
管理混乱风险：
- 多个法人章的存在会破坏公司内部管理的统一性，导致不同部门或人员可能使用不同的法人章签署合同，一旦发生纠纷，难以确定哪个章是真实有效的。这不仅损害公司利益，还影响公司声誉。
印章管理制度：
- 如果公司确实因业务需要或特殊情况需要存在多枚法人章，必须建立严格规范的印章管理制度。这包括明确每一枚法人章的使用范围、审批流程、保管责任人等内容，以确保印章使用的合法性、合规性和有序性，避免管理失控的状况发生。
三、商业合作角度
合作方疑虑：
- 多枚法人章可能会给合作方带来疑虑和不便。在涉及重要法律文件签署、重大交易等情况下，对方通常会要求确认所使用法人章的真实性和有效性。
沟通与解释：
- 公司需要额外做好沟通和解释工作，以消除合作方的顾虑并确保合作的顺利进行。这可能包括提供法人章的备案证明、使用记录等相关文件。
四、特殊情况考虑
新旧法人章交替：
- 当公司因名称变更、法人章损坏或其他合理原因需要更换法人章时，新旧法人章可能会在一定时间内并存。但此情况通常有明确的时间限制，并通过公告等方式告知相关方，以确保过渡期间的秩序和安全性。
不同用途的专用章：
- 除了法定法人章外，公司可根据业务需要刻制财务专用章、合同专用章等。这些专用章在特定范围内具有法律效力，但与法定法人章在性质和用途上有明确区别。所有专用章都必须在公安局进行备案，并严格遵守相关法律法规和公司章程的规定使用。
建议：为维护公司的法律权益和内部管理秩序，公司应严格遵守相关法律法规，只刻制并使用一个经过备案的法人章。同时，应加强印章管理，确保法人章的安全、合规使用。若法人章遗失或需要更换，应及时向相关机关报备并重新刻制。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。