在货物和运输分开开票的情况下，签订合同需重点关注交易结构、发票条款、税务责任划分及违约责任等内容，以确保合同条款清晰、合法且可执行。 以下是具体建议：

1. 明确交易结构与合同主体

• 货物买卖合同：由买卖双方签订，明确货物名称、规格、数量、价格、交货方式（如“买方自提”或“卖方代办运输”）、付款方式等条款。若卖方仅负责交货至指定地点（如仓库），需在合同中明确交货地点为“卖方仓库”或“买方指定地点”，避免后续争议。
• 运输服务合同：由买卖双方中的一方（通常为买方或卖方委托方）与运输公司签订，明确运输路线、货物信息、运费金额、付款方式（如“到付”或“预付”）、责任划分（如货物损毁责任）等条款。若运输费用由买方承担，需在买卖合同中明确“运输费用由买方另行支付，并由买方与运输公司结算”。

2. 发票条款的细化

• 货物发票：在买卖合同中明确卖方需向买方开具货物增值税专用发票（或普通发票），注明发票类型、税率、开票时间（如“交货后7个工作日内”）、发票内容（与合同货物一致）等。
• 运输发票：在运输合同中明确运输公司需向委托方（买方或卖方）开具运输服务增值税专用发票（或普通发票），注明发票类型、税率、开票时间（如“运输完成后3个工作日内”）、发票内容（如“公路运输服务”）等。
• 关联性要求：若税务机关对发票关联性有要求（如“四流一致”），需在合同中约定双方配合提供相关证明材料（如运输单据、签收单等），以确保发票合规。

3. 税务责任划分

• 卖方责任：若卖方负责代办运输但运输费用由买方承担，需在买卖合同中明确卖方仅作为代理人与运输公司签约，运输费用不纳入货物价款，且卖方不承担运输过程中的税务风险（如运输公司未开票或虚开发票）。
• 买方责任：若买方自行委托运输公司，需在买卖合同中明确买方需确保运输公司开具合规发票，否则由此导致的税务损失（如无法抵扣进项税）由买方承担。
• 共同责任：双方可约定共同配合完成税务合规义务，如卖方提供货物出库单、买方提供运输签收单等，以证明交易真实性。

4. 违约责任与争议解决

• 发票违约：若一方未按约定开具或交付发票，需约定违约金（如“未按期开票的，按未开票金额的5%支付违约金”）或赔偿损失（如买方因未取得发票而多缴纳的税款）。
• 运输违约：若运输公司未按约定完成运输或开具发票，需在运输合同中约定委托方（买方或卖方）有权直接向运输公司追责，或由另一方（如卖方）协助处理。
• 争议解决：建议约定仲裁或诉讼条款，明确管辖法院（如“合同签订地法院”）或仲裁机构（如“中国国际经济贸易仲裁委员会”），以降低后续争议解决成本。

5. 其他注意事项

• 合同形式：建议采用书面形式签订合同，并由双方盖章确认。若涉及电子合同，需符合《电子签名法》要求。
• 附件条款：可将货物清单、运输路线图、发票样本等作为合同附件，增强条款可操作性。
• 税务合规审查：合同签订前，建议双方核对税务登记信息（如纳税人识别号、开户行等），避免因信息错误导致发票作废。

示例条款参考：

“卖方应于交货后7个工作日内向买方开具货物增值税专用发票，发票内容需与合同货物一致；买方应于运输完成后3个工作日内向卖方提供运输公司开具的运输服务增值税专用发票。若一方未按约定开具或交付发票，需按未开票金额的5%支付违约金，并赔偿对方因此遭受的损失（包括但不限于税款、滞纳金等）。”

如有进一步疑问（如具体行业税务要求、跨境交易发票处理等），可直接向我咨询，我会结合您的交易场景提供更详细的建议。