无证驾驶营运车辆发生事故，即使过了三年，相关责任并不会因时间的流逝而免除，仍需根据具体情况承担相应的法律责任。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律责任认定与处理
行政责任：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十九条，未取得机动车驾驶证驾驶机动车的，由公安机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款，并可以并处十五日以下拘留。这一规定同样适用于无证驾驶营运车辆的情况。
- 若事故中存在其他交通违法行为（如超速、闯红灯等），还可能面临额外的行政处罚。
刑事责任：
- 如果无证驾驶导致重大交通事故，造成人员重伤、死亡或公私财产重大损失，可能构成交通肇事罪，需承担刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条，违反交通运输管理法规发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
- 需要注意的是，刑事责任的追究并不受时间限制，只要事故发生时存在犯罪行为，且未超过追诉时效，就可能被追究刑事责任。
民事赔偿责任：
- 无证驾驶者需对事故造成的损害承担赔偿责任，包括人身损害赔偿和财产损失赔偿。
- 营运车辆的所有者或管理者，若对事故发生有过错（如明知驾驶人无驾驶证仍提供车辆），也可能需承担连带赔偿责任。
二、保险理赔问题
交强险理赔：
- 交强险是强制性的社会保险，旨在保障交通事故受害人的基本权益。在无证驾驶的情况下，保险公司通常会在交强险责任限额范围内垫付抢救费用，但有权向致害人追偿。对于其他损失和费用，保险公司不负责垫付和赔偿。
商业险理赔：
- 商业险的理赔条款通常明确排除无证驾驶等违法行为的赔偿。因此，无证驾驶营运车辆发生事故时，商业险一般不会进行赔付。
三、对营运车辆所有者或管理者的建议
加强驾驶员资质审核：
- 营运车辆的所有者或管理者应严格审核驾驶员的资质，确保所有驾驶员均持有有效驾驶证，并具备相应的驾驶技能和经验。
完善车辆管理制度：
- 建立健全的车辆管理制度，包括车辆使用登记、维护保养、安全检查等方面，确保车辆处于良好的运行状态，减少事故发生的可能性。
加强交通安全培训：
- 定期对驾驶员进行交通安全培训和教育活动，提高他们的交通安全意识和应急处理能力，降低事故风险。
四、特殊情况说明
- 如果事故发生后，无证驾驶者或营运车辆的所有者、管理者已经接受了相应的行政处罚或刑事处罚，并承担了民事赔偿责任，那么这并不影响后续对事故责任的进一步认定和处理。例如，如果事故中存在隐瞒事实、伪造证据等违法行为，仍可能面临进一步的法律追究。
总结与建议：无证驾驶营运车辆发生事故，即使过了三年，相关责任仍需根据具体情况承担。为了避免类似事故的发生，营运车辆的所有者或管理者应加强驾驶员资质审核、完善车辆管理制度、加强交通安全培训等方面的工作。同时，如果发生事故，应及时报警、保护现场、配合调查，并依法承担相应的法律责任。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。