协议仍然有效。以下从不同角度进行分析：
协议效力的法律基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的效力主要取决于合同双方当事人的意思表示是否真实、合法，以及合同内容是否违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。在甲乙双方及中间人签字的协议中，只要甲乙双方的意思表示真实，且协议内容合法，该协议即具有法律效力。中间人的签字，通常作为见证或确认合同签订过程的一部分，并不直接影响合同的效力。
中间人死亡对协议效力的影响：
- 中间人的死亡，并不改变甲乙双方之间已经形成的合同关系。合同是甲乙双方之间的法律约束，中间人并非合同的当事人，其死亡不会导致合同无效或终止。中间人的角色在合同签订后，通常不再具有直接的法律意义，除非合同中有特别约定中间人的某些义务或责任。
协议履行的可能变化：
- 尽管中间人的死亡不影响协议的效力，但在某些情况下，中间人的死亡可能会影响协议的履行。例如，如果中间人在协议中承担了某些特定的义务或责任（如担保、协调等），且这些义务或责任在协议履行过程中变得重要，那么中间人的死亡可能会导致这些义务或责任的履行出现困难。然而，这种情况下的影响并非协议本身的效力问题，而是协议履行过程中的具体问题，可以通过协商、诉讼等方式解决。
建议与注意事项：
- 对于甲乙双方而言，应继续按照协议约定履行各自的义务。如果因中间人的死亡导致协议履行出现困难或争议，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案。
- 如果协议中涉及中间人的某些特定义务或责任，且这些义务或责任对协议的履行至关重要，建议在协议中明确约定中间人死亡后的处理方式或替代方案，以减少未来可能出现的争议。
综上所述，甲乙双方及中间人签字的协议，在几年后中间人死亡的情况下，仍然具有法律效力。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。