结论：在公司有法院案件未结的情况下申请市场监督管理部门注销登记，责任归属需视具体情况而定，可能涉及公司直接责任人员、清算义务人或相关中介机构等。
详细分析：
公司直接责任人员：
- 法律背景：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司在未依法清算完毕前，不得办理注销登记。若公司在有未结法院案件的情况下申请注销，且该行为未经合法清算程序或存在隐瞒、欺诈等情形，公司的直接责任人员（如法定代表人、直接负责的主管人员等）可能需承担法律责任。
- 可能后果：这些责任人员可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等；若因注销行为给债权人或其他利益相关方造成损失，还可能需承担民事赔偿责任；在极端情况下，若注销行为构成犯罪（如妨害清算罪），还可能面临刑事责任。
清算义务人：
- 法律背景：若公司已进入清算程序，但清算义务人（如股东、董事等）未依法履行清算义务，如未通知债权人、未公告清算事宜、未妥善保管公司财产等，导致公司财产贬值、流失、毁损或灭失，或未经依法清算即办理注销登记，清算义务人需承担相应法律责任。
- 可能后果：清算义务人可能需对公司的债务承担连带清偿责任；若因故意或重大过失给债权人造成损失，还可能需承担额外的赔偿责任。
相关中介机构：
- 法律背景：若公司在申请注销登记过程中，委托了会计师事务所、律师事务所等中介机构提供审计、法律等服务，且这些中介机构在提供服务过程中存在过错（如未尽到审慎核查义务、出具虚假报告等），导致公司得以在未结法院案件的情况下成功注销，相关中介机构也可能需承担法律责任。
- 可能后果：中介机构可能需对因其过错给债权人或其他利益相关方造成的损失承担赔偿责任；若其行为构成犯罪（如提供虚假证明文件罪），还可能面临刑事责任。
法律建议：
- 对于公司而言，应严格遵守法律法规，在清算完毕前不得办理注销登记；若确需注销，应依法履行清算义务，确保清算程序的合法性和公正性。
- 对于清算义务人而言，应认真履行清算义务，确保公司财产的妥善保管和债务的妥善处理；若因故无法履行清算义务，应及时委托专业机构进行清算，并确保清算程序的合法性和有效性。
- 对于相关中介机构而言，应严格遵守职业道德和法律法规，提供真实、准确、完整的服务；若因过错给债权人或其他利益相关方造成损失，应积极承担赔偿责任。
进一步思考：
- 在实际操作中，公司注销登记涉及多个环节和多个主体，因此责任归属可能较为复杂。若发生此类情况，建议及时咨询专业律师，以便更准确地判断责任归属并采取相应的法律措施。
- 同时，对于债权人而言，若发现公司在有未结法院案件的情况下申请注销登记，应及时向市场监督管理部门或法院提出异议，以维护自己的合法权益。
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