结论：在借款合同有多份且双方相互打款多次，但出借人只主张部分借款的情况下，认定主要依据合同内容、实际履行情况、双方交易习惯以及相关证据来综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
合同内容与实际履行情况：
- 合同明确性：首先，要审查各份借款合同的具体内容，包括借款金额、借款期限、利息约定等条款。如果合同中明确约定了借款的具体金额和还款方式，且出借人能够提供相应的转账记录或收据等证据，那么这部分借款的认定将相对明确。
- 实际履行：除了合同内容，还需要关注双方的实际履行情况。如果出借人确实按照合同约定向借款人支付了部分借款，并且借款人也承认收到了这部分借款，那么这部分借款的认定将更有依据。
双方交易习惯与证据：
- 交易习惯：在民间借贷中，双方可能存在特定的交易习惯，如通过特定账户转账、使用特定方式确认借款等。这些交易习惯可以作为认定借款事实的辅助证据。
- 证据收集：出借人需要收集并整理所有与借款相关的证据，包括借款合同、转账记录、收据、聊天记录等。这些证据将有助于证明借款事实的存在以及借款的具体金额。
出借人主张部分借款的合理性：
- 主张依据：出借人只主张部分借款，需要有合理的依据。例如，可能因为部分借款已经得到偿还，或者出借人出于某种原因只愿意追讨部分借款。在这种情况下，出借人需要提供相应的证据来支持其主张。
- 借款人抗辩：如果借款人对出借人的主张提出抗辩，如认为借款金额不符、已经偿还部分借款等，那么借款人也需要提供相应的证据来支持其抗辩。
法律后果与举证责任：
- 法律后果：如果出借人能够证明其主张的部分借款事实存在，且借款人无法提供有效抗辩，那么借款人可能需要承担偿还这部分借款的法律责任。
- 举证责任：在民间借贷纠纷中，举证责任通常由出借人承担。出借人需要提供足够的证据来证明其主张的借款事实。如果出借人无法提供充分证据，那么其主张可能无法得到法院的支持。
建议：
- 对于出借人而言，在签订借款合同时应明确约定借款金额、期限、利息等条款，并保留好所有与借款相关的证据。在主张部分借款时，应提供充分的证据来支持其主张。
- 对于借款人而言，在收到借款时应确认借款金额，并保留好相关证据。如果出借人主张部分借款，借款人应仔细审查合同内容和实际履行情况，并提供有效抗辩（如有）。
示例：假设甲与乙签订了三份借款合同，分别约定借款10万元、20万元和30万元。但实际上，甲只向乙支付了20万元和30万元的借款。现在甲只主张乙偿还20万元的借款。在这种情况下，甲需要提供借款合同、转账记录等证据来证明其主张的20万元借款事实存在。如果乙无法提供有效抗辩，那么乙可能需要承担偿还这20万元借款的法律责任。
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