在PPP项目中，项目公司擅自进行股权转让，政府是否可以诉请恢复原状，这取决于多个因素，包括股权转让协议的效力、政府方的权利保护条款以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
股权转让协议的效力：
- 如果项目公司的股权转让协议因违反法律法规（如未经过政府方同意或未履行相关审批程序）而无效，那么政府方有权基于合同无效的法律后果，要求恢复原状，即股权转让前的状态。这通常涉及到返还股权、赔偿损失等法律责任。
- 如果股权转让协议本身有效，但政府方认为该转让损害了其利益或违反了PPP项目合同的约定，政府方可能需要通过其他法律途径来维护自身权益，如提起违约之诉或侵权之诉，而不仅仅是诉请恢复原状。
政府方的权利保护条款：
- 在PPP项目合同中，通常会包含关于股权转让的限制性条款，如政府方对股权转让的同意权、优先购买权等。如果项目公司未经政府方同意擅自进行股权转让，违反了这些条款，政府方有权依据合同约定采取相应的法律措施，包括但不限于诉请恢复原状、要求赔偿损失等。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，股权转让需要遵循一定的程序和规定。如果项目公司的股权转让违反了这些规定，如未履行信息披露义务、未保障其他股东的优先购买权等，政府方（作为项目公司的股东或相关利益方）有权依法提出异议，并可能要求恢复原状或采取其他法律救济措施。
- 此外，如果PPP项目涉及特定行业或领域的监管要求，如基础设施、公用事业等，项目公司的股权转让可能还需要经过相关监管部门的批准或备案。未经批准或备案擅自进行股权转让的，政府方也有权依据相关法律法规采取相应的法律措施。
法律建议：
- 政府方在发现项目公司擅自进行股权转让后，应首先审查PPP项目合同及相关法律法规，明确自身的权利和义务。
- 如果认为股权转让协议无效或违反了合同约定及法律法规规定，政府方应及时收集证据，并考虑通过法律途径维护自身权益，包括但不限于提起诉讼或申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，政府方应充分阐述其诉求和理由，并提供充分的证据支持其主张。如果诉请恢复原状，需要明确恢复原状的具体内容和方式，并考虑可能面临的法律风险和执行难度。
可能面临的法律后果：
- 如果政府方诉请恢复原状并获得法院或仲裁机构的支持，项目公司可能需要返还股权、赔偿损失等。这将对项目公司的经营和财务状况产生重大影响。
- 如果政府方的诉请未获得支持，项目公司可能继续持有转让的股权，但政府方仍可通过其他法律途径（如提起违约之诉或侵权之诉）来维护自身权益。
综上所述，政府方在PPP项目中项目公司擅自进行股权转让的情况下，是否可以诉请恢复原状取决于多个因素。政府方应仔细审查合同和法律法规，明确自身权利和义务，并考虑通过法律途径维护自身权益。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。