结论：农村自留地变为基本粮田后，能否办理经营证需分情况讨论，主要取决于土地用途是否符合规划、是否履行法定程序以及经营项目的性质。

1. 土地用途与规划的合规性
   根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，基本农田是依法划定的不得擅自改变用途的耕地，主要用于粮食生产。若自留地被调整为基本农田，其用途已明确为农业种植（尤其是粮食作物），原则上不允许用于非农建设或经营性活动。若拟办理的经营证涉及非农用途（如商业开发、工业项目等），则因违反土地用途管制规定而无法办理。

2. 经营项目的性质与许可要求
   若经营项目属于农业范畴（如种植、养殖、农产品加工等），且符合基本农田的种植要求，则可能无需办理“经营证”，但需满足以下条件：

   • 农业经营许可：若涉及规模化种植、养殖或农产品加工，需根据《农业法》或地方性法规办理农业经营许可证或备案手续；
     
   • 环保与安全要求：若经营项目涉及农药使用、畜禽养殖等，需符合环保、动物防疫等部门的规定；
     
   • 土地流转合规性：若自留地已通过流转方式由他人经营，需签订书面流转合同并备案，确保流转程序合法。

3. 法定程序与审批要求
   即使经营项目符合农业用途，若需改变土地经营方式（如从家庭承包经营转为合作社或企业经营），可能需履行以下程序：

   • 村民会议决议：根据《农村土地承包法》，涉及集体土地经营方式变更的，需经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员同意；
     
   • 乡镇政府备案或审批：部分地区要求农业经营主体向乡镇政府备案或提交经营计划；
     
   • 工商登记：若以企业或合作社形式经营，需完成工商注册登记。

建议与风险提示：

• 核实土地性质：首先向当地自然资源部门或农业农村部门确认自留地是否已被划入基本农田范围，以及是否有特殊政策允许经营；
  
• 咨询地方政策：部分地区对基本农田的利用有更灵活的规定（如允许发展“粮经复合”种植），需结合地方性法规操作；
  
• 避免违法风险：切勿擅自改变基本农田用途，否则可能面临责令恢复原状、罚款甚至刑事责任（如非法占用农用地罪）。
  

若有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的政策细节为您分析。