农村客运车超载的处理方式主要依据超载的严重程度及具体情节，通常涉及行政处罚，情节严重的可能涉及刑事责任。具体分析如下：

1. 行政处罚
   根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员的，将面临以下处罚：
   

• 超载20%以下：处200元以上500元以下罚款，并扣留机动车至违法状态消除；
  
• 超载20%以上：处500元以上2000元以下罚款，并扣留机动车至违法状态消除；
  
• 多次违法或拒不改正：公安机关交通管理部门可对直接负责的主管人员处2000元以上5000元以下罚款，情节严重的吊销道路运输经营许可证。
  

此外，根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶公路客运汽车载人超过核定人数20%以上的，一次记12分；未达20%的，一次记6分。

1. 刑事责任（若构成危险驾驶罪）
   根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条之一，从事校车业务或旅客运输，严重超过额定乘员载客（通常指超载50%以上或超载15人以上），或存在其他严重情节的，可能构成危险驾驶罪，处拘役（1-6个月）并处罚金。
   需注意：刑事立案标准需结合超载比例、车辆类型、行驶路段等综合判断，具体以司法机关认定为准。

2. 其他连带责任

• 车辆所有人/管理人：若明知超载仍安排运输，可能被追究共同违法责任；
  
• 保险公司：超载导致事故的，保险公司可能在商业险范围内拒赔或减赔（交强险仍需赔偿，但可追偿）。

建议：若您或他人遭遇农村客运车超载问题，可采取以下措施：

1. 拒绝乘坐并保留证据（如拍照、录像、车票等）；
   
2. 向当地交通运输管理部门（如运管所）或公安机关举报；
   
3. 若因超载发生事故，及时报警并联系律师协助维权。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。