结论概述：在商标侵权案件中，侵权人盈利16万并退赔后，法院是否还会处以罚款以及罚款的具体数额，取决于多种因素，包括侵权行为的性质、情节、后果以及侵权人的主观过错程度等。无法直接给出一个确定的罚款数额，但可以依据相关法律规定和司法实践，分析可能的罚款范围及影响因素。
一、法律依据
《商标法》第六十条：
- 有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
- 工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。
《刑法》第二百一十四条（若侵权行为构成犯罪）：
- 销售明知是假冒注册商标的商品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
二、罚款数额的影响因素
侵权行为的性质与情节：
- 侵权行为的恶劣程度，如是否故意、是否多次侵权、是否对商标权人造成重大损失等，都会影响罚款的数额。
违法经营额：
- 根据《商标法》第六十条，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款。因此，违法经营额是确定罚款数额的重要参考。
侵权人的主观过错：
- 侵权人是否明知或应知其行为构成侵权，以及侵权后的态度（如是否积极退赔、是否配合调查等），也会影响罚款的数额。
社会影响与后果：
- 侵权行为是否对市场秩序、消费者权益等造成严重影响，也是法院考虑罚款数额的因素之一。
三、可能的罚款范围及示例
若侵权行为不构成犯罪：
- 假设侵权人盈利16万，且违法经营额也接近或等于此数额，根据《商标法》第六十条，法院可能处以违法经营额一倍至五倍的罚款，即16万至80万之间。但具体数额还需根据侵权行为的性质、情节等因素综合判断。
- 若侵权人积极退赔、配合调查，且未造成严重后果，法院可能酌情减轻处罚，罚款数额可能低于上述范围。
若侵权行为构成犯罪：
- 根据《刑法》第二百一十四条，若侵权行为构成销售假冒注册商标的商品罪，且违法所得数额较大或有其他严重情节，法院将依法判处刑罚，并可能并处罚金。罚金的数额将根据犯罪情节、违法所得数额等因素确定，无法直接给出具体数额。
四、建议与提醒
- 积极配合调查与退赔：侵权人应积极配合相关部门的调查，主动退赔违法所得，以减轻可能的法律责任。
- 寻求专业法律帮助：面对商标侵权案件，侵权人应尽快咨询专业律师，了解自身权利与义务，制定合理的应对策略。
- 遵守法律法规：企业应加强知识产权保护意识，遵守相关法律法规，避免侵犯他人商标权等知识产权。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。