在甲方独立分包工程的情况下，竣工备案是否需要总包盖章，这主要取决于具体的合同约定以及当地建设行政主管部门的要求，但通常情况下，独立分包工程竣工备案并不直接要求总包单位盖章。以下是对这一问题的详细分析：
合同约定：
- 在建设工程中，甲方（建设单位）与总包单位、独立分包单位之间会签订相应的合同。这些合同中会明确规定各方在工程竣工、备案等环节的权利和义务。
- 如果合同中明确规定了独立分包工程竣工备案需要总包单位盖章，那么甲方和独立分包单位就需要按照合同约定执行。
- 如果合同中没有明确规定，或者规定不需要总包单位盖章，那么独立分包单位在竣工备案时就不需要总包单位的盖章。
当地建设行政主管部门的要求：
- 除了合同约定外，当地建设行政主管部门也可能对工程竣工备案有具体的要求。这些要求可能包括备案所需的材料、流程等。
- 甲方和独立分包单位需要了解并遵守当地建设行政主管部门的要求。如果当地要求独立分包工程竣工备案需要总包单位盖章，那么就必须按照要求执行。
- 但通常情况下，独立分包工程作为与总包工程相对独立的工程部分，其竣工备案并不直接依赖于总包单位的盖章。独立分包单位只需按照相关规定提交自己的竣工资料，并经过甲方和监理单位的审核后，即可向建设行政主管部门申请备案。
实际操作中的建议：
- 为了避免不必要的麻烦和纠纷，甲方和独立分包单位在签订合同时，应明确约定工程竣工备案的相关事宜，包括是否需要总包单位盖章等。
- 在工程竣工前，甲方和独立分包单位应提前了解当地建设行政主管部门对工程竣工备案的具体要求，并按照要求准备相关材料。
- 如果遇到需要总包单位盖章的情况，甲方和独立分包单位应积极与总包单位沟通协商，确保工程能够顺利竣工备案。
总结来说，甲方独立分包工程竣工备案是否需要总包盖章，并没有一个固定的答案。它取决于合同约定和当地建设行政主管部门的要求。因此，在实际操作中，甲方和独立分包单位应根据具体情况进行判断和处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你具体情况提供专业的法律意见。