针对专项培训合同一式两份但甲乙双方合同内容不一样的情况，这确实是一个需要谨慎处理的问题。首先，要明确的是，合同是双方意思表示一致的产物，正常情况下，甲乙双方持有的合同内容应当是完全一致的。针对您提出的问题，我将从以下几个角度进行分析和建议：

1. 核实合同差异的具体内容：

   • 您需要仔细核对甲乙双方合同中的每一项条款，找出具体存在差异的地方。这些差异可能涉及培训内容、培训期限、培训费用、违约责任等关键条款。
   • 核实差异的原因，是签订时疏忽导致的笔误，还是一方在签订后未经对方同意擅自修改了合同内容。

2. 分析合同差异的法律效力：

   • 如果合同差异是由于签订时的疏忽或笔误造成的，且双方对此均无异议，那么可以通过签订补充协议或修正案的方式，对合同内容进行修正，以确保双方持有的合同内容一致。
   • 如果合同差异是由于一方擅自修改合同内容造成的，那么这种修改是无效的。因为合同一旦签订，就具有法律约束力，任何一方未经对方同意，不得擅自变更或解除合同。在这种情况下，您可以要求对方恢复合同原状，或者依据您持有的原始合同内容来主张权利。

3. 采取相应的法律措施：

   • 如果双方无法就合同差异达成一致意见，您可以考虑通过法律途径解决争议。这包括向法院提起诉讼或申请仲裁，要求法院或仲裁机构对合同内容进行确认或裁决。
   • 在诉讼或仲裁过程中，您需要提供充分的证据来证明您持有的合同内容是真实、有效的，以及对方擅自修改合同内容的事实。这可能需要您收集相关的签订合同过程中的证据，如邮件、短信、聊天记录等。

4. 预防类似问题的再次发生：

   • 为了避免类似问题的再次发生，建议您在签订合同时，务必仔细核对合同内容，确保双方持有的合同内容完全一致。
   • 在合同签订后，您可以要求对方提供一份合同复印件或扫描件，以便您进行备份和核对。
   • 如果可能的话，您还可以考虑在合同中增加一些条款，如“本合同一式两份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。如双方合同内容存在差异，以先签订或双方共同确认的合同内容为准。”这样的条款可以在一定程度上减少合同差异带来的争议。

最后，我想强调的是，合同是双方交易的重要凭证，务必确保合同内容的准确性和一致性。如果您在处理合同差异过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。