结论：公司以未达最低工资标准为由扣减工资用于缴纳社保的做法不合法，但社保缴费基数与工资的关系需分情况讨论。以下从法律角度展开分析：

一、最低工资标准与工资扣减的合法性

1. 最低工资的强制性
   根据《最低工资规定》第十二条，用人单位支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准，且不得将加班工资、中班/夜班/高温/低温/井下/有毒有害等特殊工作环境下的津贴，以及法律法规规定的劳动者福利待遇等计入最低工资。
   结论：若公司以“未达最低工资”为由扣减工资，本身已违反最低工资保障制度，扣减行为不合法。

2. 工资扣减的法定情形
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，仅在劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失时，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣减部分不得超过当月工资的20%，扣减后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   结论：公司无权以“缴纳社保”为由直接扣减工资，社保费用应通过调整缴费基数或公司承担部分费用解决。

二、社保缴费基数与工资的关系

1. 社保缴费基数的确定规则
   根据《社会保险法》及地方规定，社保缴费基数通常为劳动者上年度月平均工资（新入职员工为首月工资），但需符合当地规定的上下限（如当地社平工资的60%-300%）。
   关键点：

   • 若劳动者工资低于当地最低缴费基数（如社平工资的60%），公司应按最低基数缴纳，不得以“工资不足”为由要求劳动者补足差额；
     
   • 若劳动者工资高于最高缴费基数（如社平工资的300%），公司应按最高基数缴纳，超出部分由劳动者自行承担（但需通过工资代扣，且需劳动者书面同意）。

2. 公司违法操作的常见形式

   • 虚构工资构成：将社保费用拆分为“基本工资+社保补贴”，实际降低基本工资至低于最低工资标准；
     
   • 强制代扣：未经劳动者同意，直接从工资中扣除社保差额部分；
     
   • 混淆概念：以“社保个人承担部分”为由扣减工资，但实际扣减金额超过法定比例（如养老保险个人承担8%、医疗保险2%、失业保险0.5%，合计通常不超过10.5%）。

三、劳动者维权路径

1. 协商与投诉

   • 向公司人力资源部门提出异议，要求提供工资条及社保缴费明细；
     
   • 向当地劳动监察大队投诉（可通过12333热线或官网举报），要求查处最低工资违规及社保缴费问题。

2. 仲裁与诉讼

   • 以公司“未及时足额支付劳动报酬”为由申请劳动仲裁，主张补发工资差额及经济补偿金（按工作年限，每满一年支付一个月工资）；
     
   • 若公司未依法缴纳社保，可同时要求补缴社保（但需注意，社保补缴争议可能需先通过社保行政部门处理）。

四、实务建议

1. 劳动者：保留工资条、劳动合同、社保缴费记录等证据，避免签署“自愿放弃社保”等文件；
   
2. 用人单位：应依法调整社保缴费基数，若劳动者工资确实低于最低工资标准，需通过提高工资或公司承担部分费用解决，而非直接扣减。

总结：公司以未达最低工资为由扣减工资缴纳社保的行为不合法，劳动者可通过投诉、仲裁等途径维权。若涉及社保缴费基数争议，需结合具体工资水平及地方规定进一步分析。如有进一步问题，可直接向我咨询。