结论：公司制度是否规定迟到3分钟且小于等于15分钟就扣款，这主要取决于公司内部的具体规章制度以及该制度是否合法合理。以下从几个角度进行详细分析：

1. 公司规章制度的自主性：

   • 公司有权根据自身情况制定规章制度，包括考勤制度。这些制度通常会在员工入职时以员工手册、劳动合同附件或其他形式告知员工，并要求员工签字确认。
   • 如果公司制度中明确规定了迟到3分钟且小于等于15分钟就扣款，且该制度已经合法程序制定并告知员工，那么从公司自主管理的角度来看，这一规定是有效的。

2. 规章制度的合法性：

   • 然而，公司的规章制度并非可以随意制定，它必须符合国家法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司对员工进行罚款等处罚措施时，必须确保处罚的合法性、合理性和适度性。如果公司制度中的扣款规定过于严苛或不合理，可能被视为违法。

3. 扣款规定的合理性：

   • 合理性是判断公司规章制度是否合法的重要标准之一。对于迟到3分钟就扣款的规定，需要考虑其是否过于严苛，是否与员工迟到的实际影响相匹配。
   • 如果迟到3分钟对公司的正常运营没有造成实质性影响，而公司却对此进行扣款，那么这一规定可能被视为不合理。

4. 实际操作中的建议：

   • 作为员工，如果对公司制度中的扣款规定有异议，可以先与公司进行沟通协商，了解制度制定的背景和目的，以及扣款的具体标准和依据。
   • 如果沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 作为公司，在制定规章制度时，应充分考虑其合法性和合理性，确保既能够维护公司的正常运营秩序，又能够保障员工的合法权益。

举例说明： 假设某公司制度规定：“员工迟到3分钟以内（含3分钟）扣款50元，迟到超过3分钟但小于等于15分钟扣款100元。”如果这一规定已经合法程序制定并告知员工，且在实际操作中得到了严格执行，那么从公司自主管理的角度来看，这一规定是有效的。但是，如果员工认为这一规定过于严苛或不合理，可以通过上述途径进行维权。

进一步思考： 在制定和执行公司规章制度时，公司应充分考虑员工的实际情况和合理诉求，确保制度的合法性和合理性。同时，员工也应了解并遵守公司的规章制度，共同维护良好的工作秩序和劳动关系。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。