结论：法院在离婚纠纷中判决回迁房以6000元一平的价格进行分割，是有可能存在法律依据的，但具体是否合理需结合案件实际情况判断。以下从多个角度为你详细分析：
法院判决的依据
在离婚纠纷中，对于房产的分割，法院通常会考虑房产的来源、双方对房产的贡献、婚姻关系存续期间的长短、双方的经济状况等多种因素。回迁房虽然可能原本以较低的价格（如500元一平）获得，但这并不意味着在离婚分割时就必须按照这个价格来计算。
房产价值评估：
- 法院可能会委托专业的评估机构对回迁房的市场价值进行评估。评估机构会考虑房产的地理位置、周边环境、房屋结构、房龄等多种因素，给出一个相对客观的市场价值。如果评估结果显示该回迁房的市场价值为6000元一平，那么法院在判决时就有可能采用这个价格。
双方贡献与公平原则：
- 在婚姻关系存续期间，双方可能都对房产的维护、装修等做出了贡献。即使回迁房原本是以一方名义获得，但另一方在婚姻期间也付出了努力，法院在判决时会考虑这些因素，以确保分割的公平性。如果按照500元一平的价格分割，可能对另一方不公平，因此法院可能会选择一个更合理的价格进行判决。
法律条款支持：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。这意味着法院在判决房产分割时，有较大的自由裁量权，可以根据案件的实际情况选择最合适的判决方式。
可能的争议点
评估价值的合理性：
- 如果一方对评估机构给出的市场价值有异议，可以提出重新评估的申请。法院会根据实际情况决定是否允许重新评估，并考虑重新评估的结果对判决的影响。
双方对房产的贡献：
- 如果一方能够证明自己在婚姻期间对房产的维护、装修等做出了更大的贡献，那么法院在判决时可能会给予更多的考虑，但这并不意味着一定会改变房产的分割价格。
建议
- 了解评估过程：如果对法院判决的房产价格有异议，可以了解评估机构的选择、评估过程是否合法合规，以及评估结果是否客观公正。
- 收集证据：收集能够证明自己对房产贡献的证据，如装修合同、付款凭证等，以便在必要时向法院提供。
- 咨询专业律师：离婚纠纷中的房产分割是一个复杂的问题，涉及多个法律条款和实际情况。如果你对此有疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。