离婚协议超过三年诉讼期起诉是否有效，需根据具体纠纷类型和法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行详细分析：

一、普通财产分割纠纷的诉讼时效

1. 基础规定：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于离婚协议中关于财产分割的约定。
2. 具体应用：如果一方不履行离婚协议中的财产分割条款，另一方有权在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内向法院提起诉讼，要求对方履行协议。例如，若离婚协议约定某方应在离婚后支付补偿款但未按期支付，另一方可在该方逾期未支付之日起三年内起诉要求其支付。若超过三年诉讼时效期间，另一方再起诉要求履行，法院可能不再保护其权利。

二、离婚后发现隐藏、转移等侵害夫妻共同财产行为的诉讼时效

1. 特殊规定：依据《中华人民共和国民法典》第一千零九十二条，夫妻一方在离婚过程中隐藏、转移、变卖、毁损、挥霍夫妻共同财产，或伪造债务企图侵占另一方财产的，另一方在发现上述行为后，有权在三年内向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。
2. 具体应用：此处的诉讼时效同样从当事人发现之日起计算。若超过三年才发现上述行为，另一方再起诉要求再次分割，法院可能不再支持。

三、请求撤销离婚协议中财产分割条款的诉讼时效

1. 特定时间限制：对于因胁迫、欺诈或重大误解而请求撤销离婚协议中财产分割条款的情况，法律规定了特定的时间限制。当事人应当自知道或应当知道撤销事由之日起一年内（若为重大误解则为九十日内）行使撤销权，且自民事法律行为发生之日起五年内未行使的，撤销权消灭。
2. 具体应用：若超过上述时间限制，当事人再请求撤销离婚协议中的财产分割条款，法院将不予支持。

四、离婚协议中的其他特定情况

1. 协议离婚后反悔：根据法律规定，协议离婚后一年内，如果一方对财产分割问题反悔并请求变更或撤销协议，需满足特定条件（如存在欺诈、胁迫等），并通过诉讼程序进行。若超过一年再反悔，法院通常不会支持。
2. 未处理财产的诉讼时机：离婚协议中未处理的财产，若双方无法协商处理，可通过诉讼方式解决。此时不直接涉及诉讼时效问题，而是需根据具体情况确定诉讼的时机。
3. 子女抚养费用等义务的履行：离婚协议中关于子女抚养、教育、医疗等费用的支付义务，若一方未按约定支付，另一方可在法律规定的诉讼时效期间内提起诉讼要求支付。若超过诉讼时效期间，另一方再起诉要求支付，法院可能不再保护其权利。但需注意，子女抚养费请求权在特定情况下可能不适用诉讼时效的规定。

五、综合建议

1. 及时行使权利：在离婚协议相关纠纷中，当事人应及时行使自己的权利，避免超过诉讼时效期间而丧失法律保护。
2. 保留证据：在发现对方有违约行为或侵害自己权益的行为时，应及时保留相关证据，以便在诉讼中证明自己的主张。
3. 咨询专业律师：虽然此处我作为李志刚律师已经给出了全面的分析，但每个案件的具体情况都有所不同。若遇到复杂的离婚协议纠纷，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律意见。

综上所述，离婚协议超过三年诉讼期起诉是否有效，需根据具体纠纷类型和法律规定来判断。在处理此类事务时，当事人应明确具体法律条款和案件情况，以确保自己的合法权益得到有效保护。