协议中的“本公司”并不一定就是落款公司，这需要根据协议的具体内容、签署背景以及相关法律规定来综合判断。以下从几个角度进行详细分析：

1. 协议文本的直接表述：

   • 首先，要仔细阅读协议文本，看“本公司”一词在协议中是否有明确的定义或指向。如果协议中明确指出“本公司”即指落款公司，或者通过上下文可以清晰推断出“本公司”就是落款公司，那么在这种情况下，“本公司”就是落款公司。

2. 协议签署的背景和目的：

   • 协议的签署背景和目的也是判断“本公司”是否指落款公司的重要因素。例如，如果协议是落款公司与其子公司或关联公司之间签署的，且协议内容涉及双方的权利义务关系，那么“本公司”可能指的是签署协议的某一方主体，而不一定是落款公司（如果落款公司只是代表签署，实际协议主体是另一方）。但这种情况较为特殊，需要具体协议具体分析。

3. 相关法律规定和交易习惯：

   • 在没有明确协议文本定义的情况下，可以参考相关法律规定和交易习惯。一般来说，在商业协议中，“本公司”通常指的是签署协议的一方主体，且往往是协议中承担主要权利义务的一方。然而，这并不是绝对的，因为协议的具体表述和签署背景可能因情况而异。
   • 如果协议涉及多方主体，且“本公司”的表述可能引发歧义，那么根据《民法典》中关于合同解释的规定，应当结合协议的整体内容、签署目的以及交易习惯等因素进行综合判断。

4. 实际操作中的建议：

   • 在签署协议时，为了避免“本公司”等表述引发歧义，建议在协议中明确“本公司”的具体指向，或者使用更具体的名称（如公司全称）来替代“本公司”。
   • 如果已经签署的协议中存在“本公司”等表述，且可能引发争议，那么建议及时与对方协商明确，或者通过法律途径解决争议。

总结与建议：协议中的“本公司”并不一定就是落款公司，这需要根据协议的具体内容、签署背景以及相关法律规定来综合判断。在签署协议时，应尽可能明确“本公司”的具体指向，以避免后续争议。如果已经存在争议，建议及时咨询专业律师（即我，常思远律师，专注于股权转让、涉外法律领域），以便更好地维护自身权益。