结论：旧公司法下实施的关联交易持续到现在，若起诉关联交易未经股东会同意，其合法性需结合新旧公司法的规定、交易的具体情况以及是否损害公司利益等多方面因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 新旧公司法的衔接与适用：

   • 首先，需要明确的是，虽然关联交易是在旧公司法下实施的，但若该交易持续到现在，且涉及的法律问题（如未经股东会同意）在新公司法中有明确规定，那么新公司法的相关规定可能具有溯及力或至少在处理当前纠纷时具有指导意义。然而，具体是否适用新公司法，还需根据新公司法的具体条款以及相关司法解释来判断。
   • 在实践中，法院通常会考虑交易发生时的法律环境以及交易持续期间的法律变化，以公平、合理地确定各方当事人的权利和义务。

2. 关联交易未经股东会同意的合法性：

   • 根据公司法的一般原则，关联交易应当遵循公平、公正、公开的原则，且通常需要经过股东会或董事会的同意，以确保交易不会损害公司和其他股东的利益。
   • 若旧公司法下明确规定了关联交易需经股东会同意，而实际交易未经同意，则该交易可能因违反公司法规定而无效或可撤销。但需注意，若交易已经实际履行，且公司或其他股东未在合理期限内提出异议，可能视为对交易的认可。
   • 若新公司法对关联交易有更严格或更详细的规定，且该交易持续到现在，那么新公司法的规定可能成为判断交易合法性的重要依据。

3. 损害公司利益的考量：

   • 无论新旧公司法如何规定，关联交易的核心问题在于是否损害了公司利益。若交易价格明显不合理、交易条件显失公平或存在其他损害公司利益的情况，即使交易经过了股东会同意，也可能因违反公司法的基本原则而被认定为无效或可撤销。
   • 在起诉关联交易未经股东会同意时，原告通常需要证明该交易损害了公司利益。这可能需要提供交易价格、市场价格、交易条件等方面的证据。

4. 法律建议与应对策略：

   • 对于公司而言，若发现存在未经股东会同意的关联交易，且怀疑该交易损害了公司利益，应及时收集证据并咨询专业律师（即向我咨询），以评估交易的合法性及可能的法律后果。
   • 若决定起诉，应准备充分的证据材料，包括交易合同、交易记录、股东会决议（如有）、公司财务报表等，以证明交易未经同意且损害了公司利益。
   • 在诉讼过程中，应积极配合法院的调查和审理工作，及时提交证据材料并参与庭审辩论，以维护公司的合法权益。

特殊情况说明：

• 若关联交易发生在旧公司法实施前，且当时法律对关联交易无明确规定或规定较为宽松，那么该交易的合法性可能需结合当时的法律环境和交易习惯来判断。
• 若交易双方存在特殊关系（如亲属关系、控制关系等），且该关系可能影响交易的公平性，那么法院在判断交易合法性时可能会更加谨慎。

总结与进一步思考：

• 旧公司法下实施的关联交易持续到现在，其合法性需结合新旧公司法的规定、交易的具体情况以及是否损害公司利益等多方面因素综合判断。
• 在处理此类纠纷时，建议公司及时咨询专业律师（即向我咨询），以获取具体的法律建议和应对策略。
• 同时，公司也应加强内部管理，完善关联交易审批制度，以避免类似纠纷的发生。