结论：在民事命案中，若被告没钱赔偿，其自建房在一定条件下是可以被拍卖的，这一做法是合法的。
分析如下：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当被执行人（即民事命案中的被告）未按执行通知履行法律文书确定的义务时，人民法院有权查封、扣押、冻结、拍卖、变卖被执行人应当履行义务部分的财产。这包括被执行人名下的房产，无论是商品房还是自建房。
自建房的特殊性：
- 自建房虽然可能未取得完整的产权证明，如房产证，但只要其建设符合当地规划、土地使用等法律法规，且被执行人对其拥有合法的使用权或所有权（如通过宅基地使用权证等证明），该自建房就可以作为被执行的财产。
- 在实际操作中，法院会对自建房的权属、合法性等进行审查，确保拍卖的合法性和有效性。
拍卖程序：
- 拍卖自建房需遵循严格的法律程序，包括评估、拍卖公告、拍卖实施等环节。
- 拍卖所得款项将优先用于偿还被执行人的债务，包括民事命案中的赔偿款。
合法性保障：
- 整个拍卖过程需在法院的监督下进行，确保拍卖的公开、公平、公正。
- 被执行人及其他利害关系人如对拍卖有异议，可依法提出执行异议或申请复议，以维护自身合法权益。
法律建议：
- 对于被告：若面临民事命案赔偿且无力支付，应积极与原告协商解决方案，如分期赔偿等，以避免房产被拍卖。同时，也可咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律救济途径。
- 对于原告：在申请强制执行时，应提供充分的证据证明被告拥有可供执行的财产（包括自建房），并积极配合法院的执行工作。若对拍卖过程有异议，也应及时提出并寻求法律帮助。
可能后果：
- 若自建房被成功拍卖，被告将失去该房产的所有权或使用权，且拍卖所得可能不足以完全偿还债务，被告仍需承担剩余债务的清偿责任。
- 若拍卖过程中存在违法行为或程序瑕疵，被告或其他利害关系人可依法提出异议或申请复议，甚至可能引发新的法律纠纷。
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