结论前置：在基本农田上种树若属于违法行为，则通常不涉及“赔偿”问题，反而可能面临处罚；但若因政府合法征收或他人非法破坏导致损失，则有相应的补偿或赔偿机制。以下是对这一问题的详细分析：
一、基本农田的性质与用途限制
基本农田是受到严格保护的土地资源，其主要用途应限定为粮、棉、油、蔬菜等农产品生产。根据《基本农田保护条例》、《土地管理法》和《农村土地承包法》等相关法律法规，擅自改变基本农田用途，如种植果树，属于违法行为。因此，一般情况下，不存在对违规行为的“赔偿”。
二、政府合法征收情况下的补偿
若政府因公共利益建设等合理原因合法征收基本农田，且导致原本在农田上种植的果树需要被清理，那么农民有权获得相应的补偿。补偿通常包括以下几个方面：
- 土地补偿费：按照被征收前三年平均年产值的一定倍数计算，具体倍数由地区根据自身经济发展水平和土地产值等因素确定，通常在6到10倍之间。
- 地上附着物补偿费：针对果树，需根据果树的种类、树龄、数量及生长情况评估作价。通过专业评估机构，按市场价值等方法确定每株果树的补偿价格，再乘以总数得出总额。
- 安置补助费：按需要安置的农业人口数计算，标准为该基本农田被征收前三年平均年产值的4到6倍。但每公顷被征收农田的安置补助费最高不得超过前三年平均年产值的15倍。
三、他人非法破坏情况下的赔偿
若因他人非法破坏在基本农田上种植的果树，则构成民事侵权行为。赔偿范围包括：
- 果树本身的价值损失：考虑树龄、品种、产量等因素，按果树实际价值确定。
- 预期收益损失：若有证据证明因果树被破坏导致未来一定时期内预期收获的果实等收益无法实现，也应予以赔偿。
受损方可通过协商、调解或向法院提起民事诉讼等方式要求侵权方承担赔偿责任。
四、违法种植的后果与处理
对于擅自在基本农田上种植果树的行为，可能面临以下法律后果：
- 恢复原状的费用：需承担将果树移除、恢复土壤肥力、重新种植符合规定农作物等所需的全部费用。
- 罚款：根据违法行为的严重程度和当地法规，可能会受到一定数额的罚款。具体罚款数额会依据占用基本农田的面积、违法情节的严重程度以及造成的损害程度等因素来确定，一般按照占用基本农田的耕地开垦费1倍以上2倍以下进行罚款。
- 其他损失赔偿：若因种植果树导致土地质量下降或其他损害，还需承担相应的赔偿责任。
- 刑事责任：如果占用基本农田种树等破坏行为，造成基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染，可能触犯《中华人民共和国刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。
建议
在处理涉及基本农田的问题时，建议尽快咨询当地的农业部门或土地管理部门，了解具体的政策法规和要求。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。