结论：经营贷款项逾期两天，绑定银行卡有钱进入是否会被扣掉，这主要取决于贷款合同中的具体约定以及贷款机构的操作流程。以下从不同角度进行分析：

1. 贷款合同约定：

   • 自动扣款条款：许多贷款合同中会包含自动扣款条款，即贷款机构有权在贷款到期日或逾期后，从借款人绑定的银行账户中自动扣划相应款项以偿还贷款。如果您的贷款合同中有此类条款，且逾期两天后账户中有足够资金，那么贷款机构很可能会进行自动扣款。
   • 逾期处理条款：合同中还可能规定了逾期后的处理方式，包括但不限于罚息、违约金、催收措施等。虽然这些条款不直接涉及自动扣款，但它们反映了贷款机构对逾期行为的处理态度，也可能间接影响扣款决策。

2. 贷款机构操作流程：

   • 系统设置：贷款机构通常会有自己的系统设置，用于处理贷款的发放、还款等事务。如果系统设置为在逾期后自动尝试扣款，且账户中有足够资金，那么扣款很可能会发生。
   • 人工干预：在某些情况下，贷款机构可能会根据借款人的还款历史、信用状况等因素，决定是否进行人工干预，如暂停自动扣款、提供还款宽限期等。但这通常需要借款人主动与贷款机构沟通并达成一致。

3. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果贷款机构根据合同约定和操作流程进行了自动扣款，且扣款金额合法合理，那么这一行为通常是合法的。借款人应确保账户中有足够资金以避免逾期产生的额外费用和不良信用记录。
   • 建议：
     • 仔细阅读合同：建议您仔细阅读贷款合同中的相关条款，特别是关于还款、逾期处理和自动扣款的部分，以了解自己的权利和义务。
     • 与贷款机构沟通：如果您对自动扣款有疑问或担忧，可以主动与贷款机构沟通，了解他们的操作流程和政策，并寻求可能的解决方案。
     • 及时还款：为了避免逾期产生的额外费用和不良信用记录，建议您尽量按时还款。如果确实遇到还款困难，可以与贷款机构协商延期还款或制定其他还款计划。

进一步思考：在处理此类问题时，借款人应保持与贷款机构的良好沟通，及时了解自己的还款情况和贷款机构的政策变化。同时，借款人也应增强自己的法律意识，了解相关法律法规和合同条款，以更好地维护自己的合法权益。如果您在经营贷款或还款过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。