结论：年度考核不合格的两年，在退休时是否算工龄，主要取决于具体的考核不合格原因以及单位的相关规定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 考核不合格与工龄计算的关系：

   • 一般原则：工龄的计算通常基于员工实际提供劳动的时间，以及是否满足连续工作的条件。年度考核不合格，并不直接等同于员工没有提供劳动或不符合工龄计算的条件。
   • 特殊情况：如果考核不合格是因为员工严重违反单位规章制度、旷工、被依法追究刑事责任等导致，且单位因此解除了与员工的劳动合同，那么这段时间通常不会被计入工龄。因为此时员工已经失去了继续工作的资格，自然也无法享受工龄带来的相关待遇。

2. 单位规定的影响：

   • 单位自主权：单位有权根据自身的经营状况和员工表现，制定内部的考核制度和工龄计算规则。如果单位规定年度考核不合格将影响工龄计算，且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么该规定是有效的。
   • 合法性审查：然而，单位的规定必须合法合理。如果单位的规定过于苛刻或不合理，例如将轻微的考核不合格也作为不计入工龄的理由，那么这种规定可能不会被法律所认可。

3. 法律法规的考量：

   • 工龄计算依据：工龄的计算主要依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规。这些法律法规规定了工龄计算的基本原则和条件，但并未直接涉及年度考核不合格与工龄计算的关系。
   • 特殊保护：对于某些特殊群体，如女职工、未成年工等，法律法规可能提供了额外的保护，规定在某些情况下即使考核不合格也不影响工龄计算。但这需要具体查看相关法律法规的规定。

4. 实际操作建议：

   • 查阅单位规定：首先，建议查阅单位的相关规定，了解年度考核不合格是否会影响工龄计算。
   • 咨询单位人事部门：如果单位规定不明确或存在疑问，可以咨询单位的人事部门或相关负责人，以获取更准确的解答。
   • 寻求法律帮助：如果认为单位的规定不合法或不合理，且影响了自己的合法权益，可以寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的权益。

总结与建议：年度考核不合格的两年是否算工龄，并没有一个固定的答案。它取决于考核不合格的原因、单位的相关规定以及法律法规的考量。因此，在面临这种情况时，建议首先查阅单位规定并咨询单位人事部门，以获取更准确的信息。如果认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。