当破产财产上设置了两个或两个以上的抵押权时，处理方式主要依据《中华人民共和国企业破产法》及相关司法解释的规定，结合抵押权的设立顺序、债权性质等因素综合判断。以下是具体处理原则和步骤：

1. 按照抵押权登记的先后顺序清偿
   根据《民法典》第414条，同一财产向两个以上债权人抵押的，拍卖、变卖抵押财产所得的价款依照下列规定清偿：

   • 抵押权已登记的，按照登记的时间先后确定清偿顺序；
     
   • 抵押权已登记的先于未登记的受偿；
     
   • 抵押权未登记的，按照债权比例清偿。
     例如：若抵押权A登记于2020年1月，抵押权B登记于2021年3月，则优先清偿A的债权，剩余部分再清偿B。

2. 特殊情形下的优先权

   • 建设工程价款优先权：根据《民法典》第807条，承包人对建设工程价款享有优先受偿权，且该权利优先于抵押权和其他债权。
     
   • 职工债权优先权：根据《企业破产法》第113条，破产企业所欠职工的工资、医疗、伤残补助等费用，在破产财产清偿破产费用和共益债务后，优先于普通债权受偿，但需注意其是否属于“别除权”范围（通常职工债权不涉及抵押物，但若抵押物变价后仍有剩余，可能参与分配）。
     
   • 税收债权优先权：根据《税收征收管理法》第45条，纳税人欠缴的税款发生在其财产设定抵押之前的，税收优先于抵押权执行。

3. 抵押权人行使别除权的程序

   • 申报债权：抵押权人需在破产程序中申报债权，并提交抵押合同、登记证明等材料，证明其享有优先受偿权。
     
   • 单独受偿：管理人应将抵押物变价后，直接向抵押权人清偿债务，剩余部分纳入破产财产分配。
     
   • 不足清偿时的处理：若抵押物变价款不足以清偿全部抵押债权，未受偿部分转为普通债权，参与破产财产分配；若抵押物变价款有剩余，剩余部分按普通债权比例分配给其他债权人。

4. 抵押权无效或被撤销的情形

   • 若抵押权因未办理登记、主债权无效或存在欺诈、恶意串通等情形被认定无效或撤销，则抵押权人丧失优先受偿权，其债权转为普通债权。
     
   • 例如：若抵押权B因未登记，而抵押权A已登记，则B的债权只能按普通债权比例受偿。

总结建议：

1. 抵押权人应优先通过行使别除权实现债权，减少与普通债权的竞争；
   
2. 管理人需严格审查抵押权的合法性、登记顺序及是否存在优先权，确保分配公平；
   
3. 若涉及复杂情形（如多重优先权、抵押权无效争议），建议及时委托律师介入，通过诉讼或协商解决。
   

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