关于抵押合同中约定了抵押权设定的抵押期限时，诉讼时效如何计算的问题，这确实是一个涉及法律专业知识的复杂问题。下面，我将结合《中华人民共和国民法典》的相关规定，为您详细解答。
一、抵押权诉讼时效与主债权诉讼时效的关系
首先，需要明确的是，抵押权的诉讼时效是紧密跟随主债权的诉讼时效的。根据《民法典》第四百一十九条的规定：“抵押权人应当在主债权诉讼时效期间行使抵押权；未行使的，人民法院不予保护。”这意味着，抵押权人必须在主债权诉讼时效期间内主张其抵押权，否则将失去通过法律手段强制实现抵押权的权利。
二、诉讼时效的起算与计算方法
起算时间：
- 对于有约定还款期限的债权，诉讼时效从还款期限届满之日的第二天开始计算。例如，若借款合同约定还款日期为2023年12月31日，则主债权诉讼时效从2024年1月1日起算，抵押权的诉讼时效也相应从此时开始。
- 对于无约定还款期限的债权，债权人可随时要求债务人履行债务，但需给予必要准备时间。诉讼时效从债权人要求的宽限期届满之日或债务人明确表示不履行义务之日起计算。
计算方法：
- 诉讼时效期间通常为三年。这意味着，从诉讼时效起算之日起，抵押权人需在三年内行使抵押权，否则将失去人民法院的保护。
三、诉讼时效的特殊情况
诉讼时效中断：
- 在诉讼时效期间内，若抵押权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务、抵押权人提起诉讼或申请仲裁等，诉讼时效将中断，并从中断时起重新计算三年。
- 例如，若抵押权人在诉讼时效期间内向债务人催要过欠款，那么诉讼时效就会从催要之日起重新计算三年。
诉讼时效中止：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人无法定代理人等障碍导致不能行使请求权的，诉讼时效中止。
- 自中止事由消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。例如，若抵押权人在诉讼时效的最后六个月内因重病无法行使请求权，那么诉讼时效会中止，直到他康复并能够行使请求权之日起再计算六个月。
四、抵押合同中约定的抵押期限与诉讼时效的关系
- 抵押合同中约定的抵押期限，并不影响抵押权诉讼时效的计算。抵押权的诉讼时效始终与主债权的诉讼时效保持一致，不受抵押期限长短的约束。
- 即使抵押合同中约定了较长的抵押期限，抵押权人也必须在主债权诉讼时效期间内行使抵押权，否则将失去人民法院的保护。
五、法律后果与建议
- 如果抵押权人在诉讼时效期间内未行使抵押权，一旦诉讼时效届满，人民法院将不再保护其抵押权。这意味着抵押权人将失去通过法律手段强制实现抵押权的权利。
- 因此，我建议抵押权人应密切关注主债权的诉讼时效情况，并在诉讼时效期间内积极主张其抵押权。同时，在签订抵押合同时，应明确约定抵押权的行使条件和方式，以避免因时效问题而丧失权利。
综上所述，抵押权的诉讼时效与主债权的诉讼时效密切相关，抵押权人必须在主债权诉讼时效期间内行使抵押权。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询。