公司登记机关在特定情形下是有权撤销清算报告的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据与撤销情形

根据《中华人民共和国公司法》及其相关司法解释，公司登记机关作为对公司进行登记管理的法定机构，有权对公司提交的清算报告等文件进行审查。若清算报告存在虚假记载、误导性陈述或者重大遗漏，或者清算程序存在违法违规行为，如未依法通知债权人、未依法进行财产分配等，公司登记机关在发现后，有权依法撤销该清算报告，并可能对公司及相关责任人员处以相应的行政处罚。

撤销程序与后果

1. 撤销程序：公司登记机关在发现清算报告存在问题后，通常会先进行调查核实，收集相关证据。若确认存在违法违规行为，会依法作出撤销清算报告的决定，并通知公司及相关责任人员。

2. 法律后果：清算报告被撤销后，公司的清算程序可能被视为未完成或存在瑕疵，需要重新进行清算。同时，公司及相关责任人员可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。若因清算报告虚假或违法导致债权人损失，公司及相关责任人员还可能承担民事赔偿责任。

实际操作中的注意事项

1. 确保清算报告的真实性与合法性：公司在提交清算报告前，应确保报告内容真实、准确、完整，清算程序合法合规。这有助于避免清算报告被撤销的风险。

2. 积极配合公司登记机关的审查：若公司登记机关对清算报告提出疑问或要求补充材料，公司应积极配合，及时提供所需信息，以证明清算报告的合法性与真实性。

3. 寻求专业法律帮助：若公司对清算程序或清算报告存在疑问，或担心清算报告被撤销的风险，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、协助准备清算报告、代表公司与公司登记机关沟通等法律服务。

举例说明

假设某公司在清算过程中，未依法通知所有债权人，导致部分债权人未能及时申报债权。公司提交清算报告后，公司登记机关在审查过程中发现这一问题，并依法撤销了该清算报告。此时，公司需要重新进行清算，并通知所有债权人申报债权。若因未通知债权人导致债权人损失，公司及相关责任人员还需承担民事赔偿责任。

综上所述，公司登记机关在特定情形下是有权撤销清算报告的。因此，公司在清算过程中应严格遵守法律法规，确保清算报告的真实性与合法性，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。