若集体林地程序合法，在清理保护树木时，需根据具体情况采取不同的处理方式，具体如下：

1. 若清理保护树木是出于合法目的且符合规定程序：

   • 合法目的：例如，为了进行林地更新、病虫害防治、森林防火等必要措施，且这些目的符合林业法律法规和集体林地管理规定。
   • 符合程序：在清理前，已经按照相关规定办理了林木采伐许可证或其他必要的审批手续，且清理过程中遵循了相关的技术标准和操作规范。
   • 处理方式：在这种情况下，清理保护树木是合法的，但应确保清理后的林地得到妥善管理和恢复，如及时补种树木、恢复植被等，以符合林业可持续发展的要求。

2. 若清理保护树木缺乏合法依据或违反规定程序：

   • 缺乏合法依据：即没有合法的目的或理由进行清理，如为了个人利益而非法砍伐保护树木。
   • 违反程序：未办理林木采伐许可证或其他必要的审批手续，或清理过程中未遵循相关的技术标准和操作规范。
   • 处理方式：
     • 行政责任：根据《中华人民共和国森林法》等相关法律法规，非法砍伐林木的，由县级以上人民政府林业主管部门责令限期在原地或者异地补种毁坏株数一倍以上三倍以下的树木，可以处毁坏林木价值五倍以下的罚款。
     • 刑事责任：如果非法砍伐的林木数量较大，或者造成严重后果的，还可能构成犯罪，如滥伐林木罪、盗伐林木罪等，依法应追究刑事责任。
     • 民事责任：如果非法砍伐行为给集体或其他成员造成了损失，还应承担相应的民事赔偿责任。