结论：当小车全责对摩托车定损后，修理店实际维修费用低于定损金额时，赔偿金额的确定需分情况讨论，具体如下：

1. 若定损金额合理且维修店未完全维修

   • 法律背景：定损是保险公司或专业评估机构对车辆损失价值的评估，旨在确定赔偿范围。若定损金额合理，且摩托车车主选择不维修或仅部分维修，这并不影响定损金额的效力。因为定损是基于车辆实际受损情况作出的，与车主是否实际维修无关。
   • 赔偿计算：在此情况下，赔偿金额通常仍以定损金额为准。也就是说，即使修理店实际维修费用低于定损金额，小车车主或其保险公司仍需按照定损金额进行赔偿。这是因为定损金额已经反映了摩托车的实际损失，车主有权选择是否维修以及维修的程度。
   • 特殊情况：如果摩托车车主能够证明定损金额存在不合理之处，如过高或过低，且能够提供充分证据支持其主张，那么赔偿金额可能会根据实际情况进行调整。但这种情况较为少见，且需要车主承担举证责任。

2. 若定损金额存在争议或不合理

   • 法律背景：如果定损金额被认为存在争议或不合理，比如定损过程存在瑕疵、定损机构不具有相应资质等，那么赔偿金额可能无法直接以定损金额为准。
   • 解决途径：
     • 协商：双方可以尝试通过协商来解决争议，达成一个双方都能接受的赔偿金额。
     • 第三方评估：如果协商无果，可以委托具有资质的第三方评估机构对摩托车损失进行重新评估，以确定更合理的赔偿金额。
     • 诉讼：如果双方仍无法达成一致，摩托车车主可以向法院提起诉讼，由法院根据相关证据和法律规定来确定赔偿金额。
   • 赔偿计算：在诉讼或第三方评估的情况下，赔偿金额将根据实际损失情况、定损过程的合理性以及相关法律法规来确定。这可能涉及对摩托车维修费用的重新核算、对定损报告的审查等。

3. 实际维修费用低于定损金额的合理性处理

   • 法律原则：在赔偿过程中，应遵循“损失填补”原则，即赔偿金额应足以弥补摩托车车主的实际损失。如果实际维修费用低于定损金额，且该费用能够合理反映摩托车的实际损失，那么赔偿金额可以相应调整。
   • 操作建议：摩托车车主在维修前应与小车车主或其保险公司沟通，明确维修范围和费用。如果实际维修费用低于定损金额，车主可以保留相关维修发票和费用清单，作为后续协商或诉讼的证据。同时，车主也可以要求维修店出具详细的维修报告，说明维修项目和费用构成，以便更好地证明实际损失情况。

建议：在处理此类事故赔偿时，建议摩托车车主保留好所有相关证据，包括定损报告、维修发票、费用清单等。如果与小车车主或其保险公司无法达成一致，可以及时咨询专业律师或寻求第三方评估机构的帮助，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。