针对您提出的“自主择业军人重婚由哪里起诉”的问题，这实际上涉及到了法律诉讼的管辖问题，而非直接由退役军人事务部或其下属机构处理的具体事务。不过，我可以从退役军人权益维护的角度，结合相关法律知识，为您提供一个清晰、详细的解答。
首先，需要明确的是，重婚是违法行为，无论涉及的是否是自主择业军人，都应当受到法律的制裁。在法律上，重婚案件通常属于刑事案件范畴，其起诉和审判应遵循刑事诉讼法的相关规定。
关于起诉地点：
一般原则：根据刑事诉讼法的规定，刑事案件一般由犯罪地的人民法院管辖。这里的“犯罪地”包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。因此，如果自主择业军人的重婚行为发生在某个特定地区，那么该地区的人民法院通常具有管辖权。
特殊情况：如果重婚案件涉及多个地区，或者犯罪嫌疑人、被告人的居住地与犯罪地不一致，那么根据案件的具体情况和便利诉讼的原则，人民法院可能会指定其他具有管辖权的人民法院进行审判。
关于起诉流程：
报案：首先，受害者或知情人应当向当地公安机关报案，提供相关证据和线索。
侦查：公安机关在接到报案后，会进行立案侦查，收集证据，查明事实。
起诉：如果侦查终结后，认为犯罪事实清楚，证据确实充分，公安机关会将案件移送至人民检察院审查起诉。人民检察院在审查后，如果认为符合起诉条件，会向人民法院提起公诉。
审判：人民法院在接到起诉后，会依法进行审判，并根据事实和法律作出判决。
针对自主择业军人的特殊情况：
虽然自主择业军人的身份可能在一定程度上影响案件的某些方面（如涉及军队内部纪律等），但在法律诉讼层面，他们与其他公民一样，都应当受到法律的平等保护。因此，在处理自主择业军人的重婚案件时，人民法院会依法进行审判，不会因其身份而有所偏袒或歧视。
建议：
如果您或您身边的人遇到了自主择业军人重婚的情况，建议您及时向当地公安机关报案，并提供相关证据和线索。同时，您也可以咨询专业的律师或法律机构，以获取更详细的法律帮助和指导。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。