农村集体经济股份合作社负责人的产生方式通常依据相关法律法规及合作社章程确定，一般有以下几种常见方式：

1. 成员大会选举产生
   根据《中华人民共和国农民专业合作社法》及相关地方性法规，农村集体经济股份合作社负责人（如理事长）通常由合作社成员大会选举产生。选举需遵循民主、公平、公开原则，候选人可由成员自荐或推荐，最终通过无记名投票或举手表决等方式确定。选举结果需报乡镇政府或农业农村主管部门备案。

2. 章程约定产生方式
   若合作社章程对负责人产生方式有特殊规定（如委托第三方机构推荐、按股份比例分配表决权等），需优先遵循章程约定。但章程内容不得违反法律强制性规定（如剥夺成员选举权）。例如，部分地区允许合作社通过“章程+成员大会”结合的方式，先由成员大会授权理事会制定候选人条件，再通过差额选举产生负责人。

3. 上级指定或委派（特殊情形）
   在极少数情况下，若合作社处于改制初期或涉及集体资产重大改革，地方政府可能根据政策要求临时指定负责人（如村党组织书记兼任），但需后续通过成员大会补选程序合法化。此类情形需严格符合地方政策文件，且不得长期替代民主选举程序。

注意事项：

• 选举过程需保留完整记录（如选票、会议纪要），以备后续审计或纠纷处理；
  
• 负责人任期通常为3-5年，可连选连任，但需避免“终身制”风险；
  
• 若合作社与村集体经济组织“政经分离”，负责人产生方式需明确区分行政职务与经济职务。

建议：
若您所在合作社面临负责人选举争议或章程修订需求，可进一步提供具体地区、合作社规模等信息，我将结合《民法典》《农民专业合作社法》及地方实施细则为您分析合规路径。