在轻微伤案件中，即使一方同意调解，为保障未来安全，可通过以下方式综合处理：

1. 调解协议中明确安全保障条款
   在调解协议中增加“禁止骚扰、威胁、跟踪等行为”的条款，并约定若对方违反需承担的违约责任（如赔偿、公开道歉等）。若对方有暴力倾向或前科，可要求其书面承诺远离你的生活区域（如住所、工作场所），并注明违反承诺的后果。

2. 申请“人身安全保护令”
   若调解后仍担心对方报复或骚扰，可向法院申请人身安全保护令。根据《反家庭暴力法》，即使未离婚或未同居，只要面临现实危险（如威胁短信、跟踪记录等），均可单独申请。保护令可禁止对方接触、骚扰你，有效期最长6个月，可续期。

3. 保留证据并建立应急机制

   • 证据留存：保存调解协议、沟通记录（微信、短信等）、对方威胁的证据（录音、录像、证人证言）。
     
   • 应急联系人：告知亲友、同事你的安全担忧，约定紧急情况下的联络方式。
     
   • 报警备案：向当地派出所备案调解情况，说明对方可能的威胁，要求警方关注。

4. 通过公安机关行政处罚威慑
   若对方有骚扰行为（如频繁打电话、发威胁信息），可立即报警。根据《治安管理处罚法》，公安机关可对其处以拘留或罚款，形成威慑。

5. 民事诉讼索赔（若后续受伤）
   若调解后对方再次实施伤害行为，可凭医疗记录、监控录像等证据，向法院起诉要求赔偿医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。

关键提醒：调解不等于“彻底解决”，安全保障需主动争取。若对方在调解后仍有异常举动（如频繁打听你的行踪、聚集人员），需立即联系警方或法院，避免事态升级。

如有具体细节（如对方身份、威胁方式等），可进一步说明，我会帮你分析风险点并制定应对方案。