若法医鉴定机构无正当理由扣留原件，属于违法行为，您有权要求其返还并可通过合法途径维权。具体处理方式如下：

1. 核实扣留的合法性
   首先需确认法医鉴定机构扣留原件的依据。根据《司法鉴定程序通则》及相关法律规定，鉴定机构通常仅需留存鉴定所需的必要材料（如复印件、照片或部分样本），原件在完成鉴定后应返还委托方或当事人。若机构以“需进一步鉴定”“内部存档”等理由扣留，需审查其是否具备合法依据（如法院委托鉴定时明确要求留存原件）。

2. 与机构协商解决
   若扣留无合法依据，您可采取以下步骤：

   • 书面催告：向鉴定机构发出正式函件，要求其说明扣留理由并限期返还原件，同时保留送达证据（如邮寄凭证、签收记录）。
     
   • 协商调解：通过委托方（如法院、公安机关）或第三方调解机构介入，促使机构返还原件。

3. 向主管部门投诉
   若协商无果，可向鉴定机构的主管部门投诉：

   • 司法行政机关：向省级司法厅（局）或市级司法局投诉，要求其对机构违规行为进行查处并责令返还。
     
   • 行业协会：向当地司法鉴定协会反映情况，协会可依据行业规范对机构进行自律惩戒。

4. 提起民事诉讼
   若扣留行为导致您损失（如无法及时提交证据、原件灭失等），可向法院起诉：

   • 案由：以“返还原物纠纷”或“侵权责任纠纷”为案由，要求机构返还原件并赔偿损失。
     
   • 证据：需提供鉴定委托合同、扣留证明（如机构书面确认）、催告记录等。
     
   • 注意事项：若原件已灭失或无法返还，可主张赔偿原件价值或因无法使用原件导致的直接损失。

5. 特殊情形处理

   • 法院委托鉴定：若鉴定由法院委托，可向承办法官说明情况，由法院协调机构返还或直接调取原件。
     
   • 刑事案件鉴定：在刑事诉讼中，鉴定机构可能因侦查需要扣留原件，此时需通过公安机关或检察机关协调，或依据《刑事诉讼法》相关规定申请返还。

建议：在处理过程中，务必保留所有与鉴定机构沟通的记录（如邮件、短信、录音等），并咨询专业律师以制定具体策略。若涉及重大权益，可委托律师介入谈判或诉讼。