违反《土地管理法》第44条的处理方式需根据具体违法情形、违法主体及后果严重程度综合判定，主要涉及行政处罚、刑事责任及民事赔偿三类法律责任。以下结合法条核心内容及实务经验，分情形说明处理规则：

一、行政处罚：针对一般性违法占用土地行为

根据《土地管理法》第44条，建设占用土地涉及农用地转为建设用地的，必须办理农用地转用审批手续。若未取得审批擅自占用土地，自然资源主管部门（原国土部门）可依据《土地管理法》第77条、第79条实施行政处罚：

1. 责令退还非法占用的土地：要求违法主体将土地恢复至占用前状态，交还原土地权利人或集体；
2. 限期拆除或没收违法建筑物：对非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，若符合土地利用总体规划，予以没收；若不符合规划，责令限期拆除；
3. 罚款：按非法占用土地面积处以罚款（标准为每平方米100元以上1000元以下，具体由省级政府制定细则）；
4. 对直接责任人员处分：若违法主体为国家机关工作人员，依法给予处分。

实务要点：行政处罚需以“违法事实清楚、证据确凿”为前提，自然资源部门需通过现场勘查、询问笔录、卫星遥感监测等手段固定证据。若对处罚决定不服，当事人可申请行政复议或提起行政诉讼。

二、刑事责任：针对情节严重的非法占用农用地行为

若非法占用农用地（尤其是基本农田）达到“数量较大”或“造成农用地大量毁坏”标准，可能构成《刑法》第342条规定的非法占用农用地罪：

1. 立案标准：根据最高检、公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》，非法占用基本农田5亩以上，或基本农田以外的耕地10亩以上，或其他农用地15亩以上，且造成耕地、林地等农用地“种植条件严重毁坏或严重污染”的，应予立案追诉；
2. 量刑规则：处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处相应刑罚。

实务要点：刑事立案需以“行政处罚前置”为原则，即自然资源部门需先作出行政处罚决定，若违法行为涉嫌犯罪，再移送公安机关立案侦查。但实务中，若证据充分，公安机关也可直接立案。

三、民事赔偿：针对损害土地权利人权益的行为

若非法占用土地行为导致原土地权利人（如集体经济组织、承包经营权人）遭受损失（如土地收益减少、地上附着物毁损），权利人可依据《民法典》第1165条、第1184条提起民事侵权诉讼，要求违法主体赔偿损失（包括直接损失和间接损失）。

实务要点：民事赔偿需以“侵权因果关系”为核心，权利人需证明损失与违法占用行为存在直接关联。赔偿范围可能包括土地复垦费用、农作物损失、预期收益损失等。

四、特殊情形：政府违法批准用地的处理

若违法占用土地行为系因政府或其部门违法批准用地导致（如越权审批、未批先占），根据《土地管理法》第79条，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。同时，违法批准征收、使用的土地应当收回，有关当事人拒不归还的，以非法占用土地论处。

建议：若您涉及具体案件，需结合违法主体（个人/企业/政府）、土地性质（农用地/建设用地/未利用地）、占用面积、损害后果等要素综合判断法律责任。可进一步提供细节，我将为您分析具体处理路径。