针对您提出的“借条备注入股公司但是公司倒闭了怎么办”这一问题，我的结论是：这需要根据借条的具体内容、入股协议的约定以及公司倒闭时的资产状况来综合判断和处理。以下是从不同角度的详细分析：
借条与入股协议的关系：
- 首先，需要明确借条上的备注“入股公司”是否构成了有效的入股协议或具有入股的法律效力。如果借条上的备注仅是双方的一种意向表达，并未形成正式的入股协议，且未办理相关的工商变更登记手续，那么这笔款项可能仍被视为借款，而非入股资金。
- 如果借条上的备注具有入股的法律效力，且双方已经按照约定履行了入股义务（如支付了入股资金、办理了工商变更登记等），那么这笔款项就转化为了公司的股权。
公司倒闭时的处理：
- 若款项被视为借款：在公司倒闭时，您作为债权人，有权参与公司的破产清算程序，按照法定顺序申报债权，并尝试从公司的剩余资产中受偿。但需要注意的是，破产清算程序中，债权人的受偿顺序通常较为靠后，且受偿比例可能较低。
- 若款项已转化为股权：在公司倒闭时，您的股权将随着公司的解散而消灭。但在此之前，您作为股东，有权参与公司的清算程序，了解公司的资产状况、负债情况等，并按照法定顺序参与剩余资产的分配。不过，由于股东在公司清算中的受偿顺序通常排在债权人之后，因此您可能无法获得全额的受偿。
具体操作建议：
- 收集证据：首先，您需要收集所有与借条、入股协议以及公司倒闭相关的证据材料，如借条原件、入股协议、转账记录、公司工商变更登记信息等。
- 咨询专业律师：由于涉及复杂的法律关系和程序，我建议您咨询一位专业律师，特别是擅长公司法务和破产清算领域的律师。律师可以根据您的具体情况，为您提供详细的法律分析和操作建议。
- 参与清算程序：如果公司已经进入破产清算程序，您需要按照法定程序申报债权或参与清算。在此过程中，律师可以协助您准备相关材料、参与债权人会议等。
- 考虑其他救济途径：如果通过破产清算程序无法获得满意的受偿，您还可以考虑其他救济途径，如向公司股东或实际控制人追偿（如果存在股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务的情况）、提起诉讼要求确认入股协议无效或撤销等。
最后，需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此上述分析仅供参考。在实际操作中，您需要根据自己的具体情况和律师的建议来制定合适的策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。