农村自建房若要确保妻子享有一半权益，可通过以下法律途径实现保护，具体需结合房屋建造时间、出资情况及产权登记等因素综合处理：

1. 明确房屋建造时间与婚姻状态的关系

   • 若房屋建造于婚姻关系存续期间，即使产权登记在一方名下，根据《民法典》第1062条，婚姻期间取得的财产原则上属于夫妻共同财产（除非另有约定）。此时妻子天然享有50%权益，但需通过书面协议或产权变更登记强化保护。
     
   • 若房屋建造于婚前，且由一方全额出资，则属于个人财产。但若婚后用夫妻共同财产还债（如借款建房），妻子可主张对应部分的补偿。

2. 通过书面协议固定权益

   • 夫妻可签订《财产约定协议》，明确房屋为共同共有或按份共有（如各占50%），并办理公证以增强证明力。协议需包含房屋地址、建造时间、出资来源、产权比例等关键信息。
     
   • 示例条款：“双方确认，位于XX村XX号的自建房（宅基地证号：XXX）为夫妻共同财产，各享有50%产权，无论登记在何方名下。”

3. 完善产权登记手续

   • 若房屋已取得宅基地使用权证或房产证，可申请变更登记，将妻子列为共有人。根据《不动产登记暂行条例》，共有人需共同申请登记，并提交身份证、结婚证、宅基地审批文件等材料。
     
   • 若房屋尚未登记，需在建造完成后及时办理初始登记，并确保夫妻双方均作为权利人申报。

4. 保留出资与贡献证据

   • 妻子需保留建房时的出资凭证（如转账记录、收据）、参与建造的证据（如劳务合同、邻居证言），以证明对房屋的贡献。若使用夫妻共同财产建房，即使登记在一方名下，妻子仍可主张权益。

5. 特殊情况处理

   • 宅基地使用权限制：若宅基地使用权仅登记在一方名下，妻子可能无法直接取得宅基地使用权，但可主张房屋所有权的份额（房屋与宅基地使用权可分离处理）。
     
   • 继承问题：若一方去世，房屋中其份额由配偶、子女、父母共同继承。妻子可通过遗嘱或法定继承程序维护权益。

行动建议：

1. 立即与配偶签订书面财产协议并公证；
   
2. 携带结婚证、宅基地证等材料到不动产登记中心申请共有权登记；
   
3. 整理建房出资、劳务等证据，建立专门档案；
   
4. 若遇纠纷，可向法院申请确认房屋共有权或提起离婚财产分割诉讼。
   

如有具体细节需进一步分析（如建房时间、出资比例等），可直接向我咨询，我会结合实际情况提供个性化方案。