针对您提出的“分居两年怎么起诉离婚且有两个小孩”的问题，以下是我为您整理的详细解答流程，希望能帮助您清晰、有条理地处理这一法律事务。
一、确认起诉条件与准备证据
首先，您需要确认是否满足因感情不和分居满两年的起诉离婚条件。这一条件要求分居必须是连续的，且满两年，同时需因感情不和导致。为了证明这一点，您需要收集相关证据，如分居协议、租房合同、居委会或物业的居住证明、以及可能的证人证言等。这些证据将有助于法院认定您的分居事实和感情破裂状态。
二、准备起诉材料
接下来，您需要准备一系列起诉材料，包括：
民事起诉状：明确列出原告和被告的基本信息，详细阐述您的诉讼请求，包括离婚、子女抚养权归属、抚养费承担以及财产分割等。同时，简要陈述事实与理由，重点说明分居两年的具体情况。
证据材料：除了上述的分居证据外，还需提供结婚证、身份证、小孩的出生证明等身份和婚姻关系证明。此外，如果您有关于财产分割的证据，如房产证、车辆行驶证、银行存款明细等，也应一并提交。
财产清单：详细列出夫妻共同财产，并提供相关产权证明或财产线索，以便法院在判决时进行合理分割。
三、选择管辖法院并提交起诉
根据法律规定，离婚诉讼一般由被告住所地或经常居住地人民法院管辖。您需要确定有管辖权的法院，并将准备好的起诉材料提交给该法院的立案庭。法院在审查后，如果符合立案条件，会予以受理并通知您缴纳诉讼费用。
四、参加法院审理
一旦案件被受理，您将需要参加法院的审理过程。这包括：
立案受理：等待法院通知，确认案件已被正式受理。
送达与答辩：被告将接收起诉状副本，并在规定时间内进行答辩。
调解程序：法院会尝试进行调解，看是否能促成双方和解或达成离婚协议。如果调解成功，您可以考虑撤诉或根据调解协议办理离婚手续。
开庭审理：如果调解无效，案件将进入开庭审理阶段。在庭审中，您需要举证、质证，并就争议焦点进行辩论。法院将根据审理情况，对离婚、子女抚养权和财产分割等问题作出判决。
五、关注判决结果与后续事项
法院在审理结束后，会作出判决。如果判决准予离婚，并确定了子女抚养权和财产分割方案，您需要关注判决结果的执行情况。如果一方不履行判决义务，您可以向法院申请强制执行。此外，如果您对一审判决不服，还可以在规定时间内向上一级法院提起上诉。
六、寻求专业法律帮助
在整个起诉离婚过程中，涉及的法律知识点多且复杂。为了确保您的合法权益得到最大程度的保护，我建议您咨询专业律师。律师可以为您提供针对性的建议和策略，协助您准备和提交相关证据和材料，并在庭审中为您辩护。同时，律师还能在情感上给予您支持和安慰，帮助您更好地应对这一挑战。
希望以上解答能帮助您清晰、有条理地处理因分居两年而起的离婚诉讼及子女抚养权问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询专业律师或相关法律机构。