外商投资企业在办理变更登记时，其变更依据既可能涉及合同，也可能涉及章程，具体取决于变更的内容和性质。以下是对这一问题的详细解答：

一、变更依据的总体原则

外商投资企业的变更登记，通常需要依据相关法律法规以及企业内部的合同和章程来进行。合同和章程都是外商投资企业设立和运营的重要法律文件，它们共同规定了企业的组织结构、经营范围、股权结构、注册资本等关键事项。因此，在变更这些事项时，需要同时考虑合同和章程的相关规定。

二、具体变更事项与依据

1. 经营范围变更：

   • 变更依据：通常需要修改公司章程，并可能涉及合资合同或合作合同的修正案（如果合同中有相关条款）。
   • 说明：经营范围的变更可能涉及企业业务方向的调整，需要确保新经营范围符合相关法律法规和政策要求，并在章程和合同中明确体现。

2. 股权结构变更：

   • 变更依据：股权转让协议、修改后的公司章程，以及可能涉及的合资合同或合作合同的修正案。
   • 说明：股权结构的变更涉及股东权益的调整，需要确保股权转让协议合法有效，并在章程和合同中更新股东信息和股权比例。

3. 注册资本变更：

   • 变更依据：验资报告（增资时）、债权人同意函（减资时）、修改后的公司章程，以及可能涉及的合资合同或合作合同的修正案。
   • 说明：注册资本的变更涉及企业资本实力的变化，需要确保增资或减资的程序合法合规，并在章程和合同中更新注册资本信息。

4. 董事/监事备案变更：

   • 变更依据：新任人员身份证明、任职资格证明，以及修改后的公司章程（如果涉及章程规定的董事/监事人数或任职资格的变更）。
   • 说明：董事/监事的变更涉及企业管理层的调整，需要确保新任人员符合相关法律法规和章程规定的任职资格。

三、变更登记流程与注意事项

1. 准备材料：根据变更事项准备相应的材料，如董事会决议、股权转让协议、验资报告、修改后的公司章程等。
2. 在线预审与窗口提交：部分地区实行“全程电子化”办理，但建议提前咨询当地商务局或市场监管局确认具体要求。部分情况仍需提交纸质盖章件。
3. 审查与批准：登记机关将对提交的材料进行形式审查和实质审查，确保变更事项合法合规。
4. 领取新执照：审查通过后，企业将领取新的营业执照，完成变更登记。

注意事项：

• 确保变更事项符合相关法律法规和政策要求。
• 变更事项需经代表三分之二以上表决权的股东通过（根据《公司法》规定），并在决议上签字确认。
• 境外主体提供的文件需经中国驻外使领馆认证，否则无效。
• 自批准之日起30日内向登记机关申请变更登记，逾期未办理可能被处以罚款。

四、结论

外商投资企业在办理变更登记时，其变更依据既可能涉及合同（如合资合同、合作合同等），也可能涉及章程。具体取决于变更的内容和性质。因此，在办理变更登记前，企业应仔细审查合同和章程的相关规定，确保变更事项合法合规，并准备相应的材料进行申请。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地商务部门或市场监管局。