若农田改造后实际面积变小，首先需明确面积变化的原因，再根据不同情况采取相应措施，具体如下：
若因测量误差导致面积变小
- 核实测量过程：要求重新对农田进行测量，确保测量工具精准、测量方法科学、测量人员专业。比如，使用符合国家标准的测量仪器，按照规范的测量流程进行操作，避免因测量失误造成面积误差。
- 依据测量结果处理：如果重新测量后确认是原测量错误，且实际面积并未减少，那么以正确的测量结果为准，无需进行其他特殊处理。
若因改造过程中被非法占用导致面积变小
- 收集证据：收集能证明农田被非法占用的相关证据，如现场照片、视频，记录占用行为发生的时间、地点、占用方等信息；寻找目击证人，获取证人证言；若有与占用方沟通的记录，如聊天记录、通话录音等，也可作为证据。
- 与占用方协商：凭借收集到的证据，与非法占用方进行友好协商，要求其停止占用行为，返还被占用的农田，并恢复农田原状。在协商过程中，要注意保留协商的记录，如书面协议、聊天记录等。
- 寻求行政帮助：如果协商无果，可以向当地的农业农村部门、自然资源部门等相关行政机关反映情况，请求他们介入调查处理。行政机关有权对非法占用农田的行为进行查处，责令占用方退还土地，并可能对其处以罚款等行政处罚。
- 提起民事诉讼：若行政处理未能解决问题，你可以向法院提起民事诉讼，以非法占用方为被告，要求其承担侵权责任，包括返还农田、恢复原状、赔偿损失等。在诉讼过程中，要按照法院的要求提供证据，配合庭审程序。
若因政府征收导致面积变小
- 确认征收合法性：查看政府征收农田是否有合法的征收手续，如是否发布了征收公告、是否制定了征收补偿方案、是否获得了相关部门的批准等。如果政府征收行为合法，那么需要按照规定的程序和标准接受补偿。
- 争取合理补偿：根据征收补偿方案，结合农田的实际情况，如土地质量、种植作物、预期收益等，与政府征收部门协商确定合理的补偿金额和补偿方式。补偿方式通常包括货币补偿和产权调换等。如果对补偿标准有异议，可以申请行政复议或者提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
若因自然灾害等不可抗力因素导致面积变小
- 及时报告损失：在自然灾害发生后，及时向当地的村委会、乡镇政府等相关部门报告农田受损情况，以便政府部门了解灾情，统筹安排救灾和恢复生产工作。
- 申请救助和补贴：关注政府部门发布的救灾政策和补贴信息，按照要求申请相应的救助和补贴。例如，一些地区会对受灾农田给予种子、化肥等生产资料的补贴，或者提供一定的资金救助，帮助农民恢复生产。