结论：大巴车行李箱装活鸡是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及运输规定、动物防疫要求以及运输合同约定等多个方面。以下从不同角度进行详细分析：
一、运输规定角度
行李定义与限制：
- 大巴车的行李箱通常用于存放乘客的随身行李，其设计并未考虑活体动物的运输。
- 运输公司或车站可能对于行李的种类、大小、重量等有明确规定，活鸡可能因属于活体动物而被禁止携带。
安全考虑：
- 活鸡在运输过程中可能因颠簸、缺氧等原因死亡或受伤，产生异味，影响其他乘客的乘车体验。
- 活鸡的排泄物可能污染行李箱，对车辆造成损害，甚至引发卫生问题。
二、动物防疫要求角度
动物检疫：
- 根据《中华人民共和国动物防疫法》等相关法律法规，运输活体动物需经过检疫，并取得相应的检疫证明。
- 若未取得检疫证明而擅自运输活鸡，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
运输工具要求：
- 运输活体动物的车辆需符合特定的卫生和防疫要求，如具备通风、防漏等设施。
- 大巴车的行李箱通常不具备这些条件，因此可能不符合运输活体动物的要求。
三、运输合同约定角度
合同条款：
- 乘客与运输公司之间通常存在运输合同关系，合同中可能明确规定了行李的种类和限制。
- 若合同中明确禁止携带活体动物，则乘客将活鸡放入行李箱可能构成违约行为。
违约责任：
- 若乘客违反合同约定携带活鸡，运输公司有权拒绝运输或要求乘客承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
四、建议与注意事项
提前咨询：
- 在计划携带活鸡乘坐大巴车前，建议提前咨询运输公司或车站的相关规定，了解是否允许携带以及需要办理哪些手续。
遵守法律法规：
- 确保活鸡已经过检疫并取得相应的检疫证明，遵守动物防疫法律法规的要求。
考虑其他运输方式：
- 若大巴车不允许携带活鸡或办理相关手续较为复杂，可以考虑选择其他运输方式，如货运车辆或专门运输活体动物的车辆。
总结：大巴车行李箱装活鸡是否合法需根据具体情况判断，包括运输规定、动物防疫要求以及运输合同约定等多个方面。在计划携带活鸡乘坐大巴车前，建议提前咨询相关规定并遵守法律法规的要求，以避免不必要的麻烦和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。