结论概述：君正集团与阿拉善盟行政公署签署的《阿拉善风光制氢及绿色能源一体化项目战略合作框架协议》，作为项目合作的基础性文件，其签署需遵循一系列法律程序，包括但不限于协议主体资格审查、协议内容合法性审查、协议签署程序合规性审查，以及后续可能的备案或审批程序。以下结合新闻背景，从多个维度进行详细分析。
一、协议主体资格审查
主体合法性：签署协议的双方，即君正集团和阿拉善盟行政公署，均需具备合法的主体资格。君正集团作为上市公司，其主体资格已通过工商注册登记确认；阿拉善盟行政公署作为地方政府机构，其主体资格由相关法律法规确认。
授权代表资格：双方签署协议的代表需具备相应的授权。这通常涉及公司内部的授权程序，如董事会决议、股东会决议等，以及地方政府内部的授权程序，如行政公署的会议决定或授权文件。
二、协议内容合法性审查
内容合规性：协议内容需符合国家法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，协议中关于项目投资、建设、运营等方面的条款，需符合《公司法》、《合同法》（现为《民法典》合同编）、《环境保护法》等相关法律法规的规定。
权利义务明确：协议应明确双方的权利义务，包括投资金额、建设周期、运营方式、收益分配、风险承担等关键条款。这些条款需具体、明确，避免产生歧义或争议。
三、协议签署程序合规性审查
签署程序：协议的签署需遵循一定的程序，包括但不限于双方协商、起草协议文本、内部审批、签署盖章等。这些程序需符合双方内部的规章制度以及相关法律法规的规定。
见证或公证：虽然并非所有协议都需要见证或公证，但对于涉及重大利益、可能产生争议的协议，双方可以考虑进行见证或公证，以增强协议的法律效力。
四、后续备案或审批程序
备案程序：根据相关法律法规的规定，某些类型的协议可能需要向相关部门进行备案。例如，涉及外资投资的协议可能需要向商务部门备案；涉及环保项目的协议可能需要向环保部门备案。
审批程序：对于某些特定类型的项目或协议，可能还需要经过相关部门的审批。例如，涉及国家安全、公共利益的项目可能需要经过国家发改委、能源局等部门的审批。在君正集团的案例中，由于项目涉及绿色能源一体化建设，且投资规模巨大，因此可能需要经过相关部门的审批或备案。
五、结合新闻背景的法律分析
从新闻背景来看，君正集团与阿拉善盟行政公署签署的合作框架协议，是双方基于各自优势资源，共同推进绿色能源一体化项目的重要合作文件。该协议的签署，不仅符合国家相关产业政策和公司长远发展规划，也有助于推动阿拉善盟和乌海市区域协同高质量发展。然而，在协议签署和实施过程中，双方需严格遵守相关法律法规的规定，确保协议的合法性和有效性。
六、法律建议
加强法律审查：在签署协议前，双方应加强对协议内容的法律审查，确保协议内容合法、合规、明确。
完善签署程序：双方应严格按照内部规章制度和相关法律法规的规定，完善协议的签署程序，确保签署程序的合规性。
关注后续程序：在协议签署后，双方应关注后续的备案或审批程序，确保项目能够顺利实施。
建立争议解决机制：为避免可能产生的争议或纠纷，双方可以在协议中约定争议解决机制，如仲裁或诉讼等。
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