结论：国有农用地使用权一般不可以直接用于建设商品房，除非经过法定程序变更土地用途并获得相关许可。
详细分析：
土地用途限制：
- 国有农用地，顾名思义，其用途是用于农业生产。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，土地用途受到严格限制，不得擅自改变。若要将农用地转为建设用地，特别是用于商品房建设，必须经过法定程序，包括土地规划调整、用途变更审批等。
法定程序要求：
- 即便土地用途可以变更，也需遵循一系列法定程序。这通常包括向相关部门提交申请、进行环境影响评估、获得建设工程规划许可证、施工许可证等。这些程序旨在确保建设活动符合城市规划、环保要求及安全标准。
违法建设的后果：
- 若未经法定程序擅自改变土地用途并在国有农用地上建设商品房，该建筑将被视为违法建筑。违法建筑可能面临被责令停止建设、限期拆除甚至被依法强制拆除的风险。此外，违法建设者还需承担拆除费用，并可能面临罚款等行政处罚。
特殊情况与地区差异：
- 当然，也存在一些特殊情况。例如，在历史遗留问题背景下，部分地区可能会针对特定时期、特定区域的建房情况出台相应政策，通过补办手续等方式使部分违法建筑合法化。但这些都是少数特殊情况，并不能代表普遍的法律规则。同时，不同地区的具体规定可能存在差异，因此在实际操作中需咨询当地相关部门了解具体政策。
法律建议：
- 若您有意在国有农用地上建设商品房，务必先了解清楚土地用途及变更程序。在确认土地用途可以变更且符合相关规划要求后，再按照法定程序申请变更土地用途并获得相关许可。
- 在建设过程中，务必遵守环保、安全等各项规定，确保建设活动合法合规。
- 若对土地用途变更、建设许可等程序存在疑问或需要进一步了解相关政策，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。
可能后果：
- 若未经法定程序擅自建设商品房，将面临违法建筑认定、责令停止建设、限期拆除甚至被依法强制拆除的风险。同时，还需承担拆除费用及可能的罚款等行政处罚。这些后果不仅会造成经济上的损失，还会对您的声誉和信用造成不良影响。因此，务必谨慎行事，确保建设活动合法合规。