法院审理案件时，若发现收入不合法，通常会依法予以追缴、没收或责令退赔，具体处理方式取决于收入的性质和违法情形。以下是详细分析：

1. 追缴违法所得
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。例如，在贪污、受贿、诈骗等案件中，法院会责令被告人将非法获取的收入上缴国库，或退赔给被害人。若违法所得已被挥霍或灭失，法院可能责令被告人以其他财产折价赔偿。

2. 没收违法收入
   若收入来源于严重违法行为（如走私、贩毒、组织卖淫等），法院会依据《刑法》第六十四条直接没收违法所得，上缴国库。例如，贩毒案件中，毒资、贩毒工具等均会被没收。

3. 责令退赔被害人
   在涉及财产侵害的案件中（如盗窃、诈骗、侵占等），法院会优先责令被告人退赔被害人损失。若违法所得不足弥补损失，被害人可另行提起民事诉讼要求赔偿。

4. 行政处罚的衔接
   若收入不合法但未构成犯罪（如违反《治安管理处罚法》的赌博收入），法院会移交行政机关处理，由公安机关或市场监管部门依法没收违法所得，并处以罚款、拘留等行政处罚。

5. 特殊情形处理

   • 第三人善意取得：若违法所得已通过合法交易转移给第三人（如购买赃物），且第三人不知情，法院可能不会追缴，但会责令原违法者赔偿。
     
   • 企业违法所得：若企业通过违法手段获取收入（如偷税漏税），法院会责令补缴税款、滞纳金，并处以罚款；情节严重的，可能吊销营业执照或追究刑事责任。

温馨提示：若您涉及具体案件，需结合收入性质、违法情节、证据充分性等因素综合判断。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合案情为您详细分析。