运输公司车辆因案件被查封，在案件处理完毕后，可通过以下步骤恢复车辆的正常使用：

1. 确认查封措施已解除：

   • 首先，运输公司需确认与案件相关的所有法律程序均已完结，包括但不限于法院判决、调解协议达成或行政处罚决定执行完毕等。
   • 联系执行查封的机关（如法院、公安机关或交通管理部门），确认查封措施已正式解除，并获取书面解除查封的通知或证明文件。

2. 办理车辆解封手续：

   • 根据解除查封的通知或证明文件，前往车辆登记地的车辆管理所或相关交通管理部门，提交解封申请。
   • 提交必要的文件，包括但不限于：解除查封通知书、公司营业执照副本、法定代表人身份证明、车辆行驶证、车辆登记证书等。
   • 遵循当地车辆管理所或交通管理部门的具体流程，完成车辆解封手续的办理。

3. 检查车辆状况并办理年检等手续：

   • 在车辆解封后，运输公司应对车辆进行全面检查，确保车辆符合道路行驶的安全标准。
   • 如车辆因查封期间未进行年检而逾期，需及时办理年检手续，以避免因未年检而再次面临处罚或限制。

4. 更新车辆保险信息：

   • 确认车辆保险是否在有效期内，如因查封期间保险过期，需及时续保，以确保车辆在行驶过程中的风险得到覆盖。

5. 关注后续法律义务与责任：

   • 运输公司应持续关注与案件相关的后续法律义务，如赔偿、罚款等，确保所有法律责任均得到妥善履行。
   • 如因案件处理过程中产生其他法律纠纷或争议，应及时咨询并寻求法律帮助，以维护公司合法权益。

特殊情况处理：

• 如查封期间车辆发生损坏或丢失：运输公司需及时与查封机关沟通，了解损坏或丢失的原因及责任归属，并根据实际情况采取相应的法律措施，如索赔或追究相关责任人的法律责任。
• 如解封手续办理过程中遇到障碍：运输公司可咨询当地车辆管理所或交通管理部门，了解具体原因并寻求解决方案。如仍无法解决，可考虑通过法律途径维护自身权益。

运输公司在车辆查封案件处理完毕后，应积极与相关部门沟通，按照法定程序办理车辆解封手续，并关注后续法律义务与责任，以确保车辆能够顺利恢复使用并合法运营。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。