核心结论：合作合同过期后，若双方一直继续合作但未签后续合同，且后续证件丢失，过期合同本身在形式上已失效，但双方实际形成的合作事实可能构成新的合同关系，即事实合同关系。

详细分析：

1. 合同过期后的效力问题：

   • 合同具有明确的期限，一旦期限届满，合同在形式上即告失效。这意味着，从法律条文的角度来看，过期合同不再具有原有的法律效力，双方不再受原合同条款的严格约束。

2. 继续合作未签后续合同的影响：

   • 尽管原合同已过期，但如果双方在实际操作中继续按照原合同的条款或类似条款进行合作，且没有提出异议，那么这种行为可能构成双方对原合同条款的默认延续，或者形成了新的事实合同关系。在法律上，事实合同关系是指双方虽然没有签订书面合同，但通过实际行为表明了双方有建立合同关系的意愿，并实际履行了合同的主要义务。

3. 后续证件丢失的影响：

   • 证件的丢失本身并不直接影响合同的效力或双方的合作关系。然而，如果证件是证明双方合作关系、合同内容或履行情况的重要文件，其丢失可能会给双方在解决争议或证明合作事实时带来一定的困难。在这种情况下，双方应尽可能通过其他证据（如交易记录、通信记录、第三方见证等）来证明合作事实和合同内容。

4. 法律建议：

   • 补签合同：为了明确双方的权利和义务，避免未来可能出现的争议，建议双方尽快补签一份新的合作合同，明确合作期限、内容、方式等关键条款。
   • 收集证据：在补签合同之前或同时，双方应积极收集能够证明合作事实和合同内容的证据，如交易记录、通信记录、发票、收据等。
   • 咨询专业律师：如果双方在合作过程中遇到任何法律问题或争议，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。

可能的情况与后果：

• 如果双方能够顺利补签合同：那么新的合同将明确双方的权利和义务，为未来的合作提供法律保障。
• 如果双方无法就补签合同达成一致：且存在争议或纠纷，那么双方可能需要通过法律途径来解决。在这种情况下，之前收集的证据将起到至关重要的作用。
• 如果证件丢失导致无法证明合作事实：那么双方可能需要承担一定的法律风险。例如，在涉及税务、审计等问题时，可能因无法提供有效证据而面临处罚或损失。

总结与进一步行动建议：

合作合同过期后，双方应尽快评估合作现状和未来需求，决定是否继续合作并补签合同。同时，双方应积极收集能够证明合作事实和合同内容的证据，以备不时之需。如果遇到任何法律问题或争议，应及时向我咨询，以便得到专业的法律建议和帮助。