当您在办理离婚时被告知结婚证不合法，这确实是一个比较复杂的情况，但别担心，我会为您详细解析并给出相应的处理建议。
首先，我们需要明确结婚证不合法可能的原因，这通常涉及到婚姻的效力问题。根据法律规定，婚姻可能因存在特定情形而被视为无效或可撤销，也可能因为程序瑕疵但实质要件符合而仍然有效。接下来，我会分别就这几种情况为您说明：
一、婚姻无效的情形及处理
如果您的婚姻存在以下情形之一，那么该婚姻自始无效，您不需要通过离婚程序来结束它，而是应该向法院申请宣告婚姻无效：
重婚：如果您或您的配偶在已有配偶的情况下再次结婚，那么后一婚姻关系是无效的。您需要准备申请书、结婚证、身份证明以及重婚的证据（如他人的结婚登记信息）向有管辖权的法院提出申请。
禁止结婚的亲属关系：如果您和您的配偶是直系血亲或三代以内的旁系血亲，那么您的婚姻也是无效的。除了常规的申请材料外，您还需要提供证明亲属关系的证据（如族谱、出生证明）。
未到法定婚龄：如果结婚时男方未满二十二周岁或女方未满二十周岁，那么该婚姻也是无效的。但需要注意的是，如果申请时双方均已达到法定婚龄，法院将不再支持婚姻无效的申请。
二、可撤销婚姻的情形及处理
在以下特定情形下，您的婚姻是可以被撤销的，撤销后婚姻自始无效：
因胁迫结婚：如果您是在受到胁迫的情况下结婚的，那么您可以在胁迫行为终止之日起一年内向法院请求撤销婚姻。您需要准备申请书、结婚证、身份证明以及胁迫的证据（如威胁短信、证人证言）。
一方隐瞒重大疾病：如果您的配偶在结婚登记前未如实告知您其患有重大疾病，那么您可以在知道或应当知道之日起一年内向法院请求撤销婚姻。您需要准备申请书、结婚证、身份证明以及隐瞒疾病的证据（如医院诊断证明）。
三、结婚证程序瑕疵的处理
如果您的结婚证因为程序瑕疵（如一方未亲自到场、使用虚假身份信息等）而存在问题，但双方实际上符合结婚的实质要件，那么您的婚姻关系仍然是有效的。在这种情况下，您可以通过以下方式来结束婚姻关系：
协议离婚：如果夫妻双方都愿意离婚，并且已经就财产分割、子女抚养等问题达成了一致意见，那么你们可以签订书面离婚协议，并到婚姻登记机关申请离婚登记。需要注意的是，现在协议离婚有一个三十天的冷静期，冷静期内或冷静期届满后三十天内未申请的，视为撤回离婚申请。
诉讼离婚：如果夫妻一方要求离婚，而另一方不同意，或者双方虽然都愿意离婚但无法就财产分割、子女抚养等问题达成一致意见，那么您可以直接向人民法院提起离婚诉讼。您需要准备起诉状、结婚证、身份证明以及相关证据，法院受理后会进行调解和审理。如果法院认为你们感情确已破裂且调解无效，那么会判决准予离婚。
四、后续事项处理
无论您的婚姻是被宣告无效、被撤销还是通过离婚方式解除，您都需要和对方协商或依法处理财产分割、子女抚养等后续问题。在这个过程中，我建议您咨询专业律师以确保您的权益得到妥善处理，并遵循相关法律法规。
希望以上解答能够帮助您更好地理解和处理这个问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。