您好，关于个体工商户和员工签订纸质协议是否有效的问题，我可以为您详细解答。

首先，根据《劳动合同法》的相关规定，中华人民共和国境内的企业、个体经济组织（这包括了个体工商户）、民办非企业单位等组织，在与劳动者建立劳动关系时，都需要订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，并且这些活动都适用《劳动合同法》。这意味着，个体工商户作为用人单位，与员工建立劳动关系时，是需要签订劳动合同的。

进一步地，该法第十条第一款明确规定，建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。这里的“书面劳动合同”就是您所提到的纸质协议的一种形式。因此，个体工商户与员工签订的纸质劳动合同，在双方协商一致，并经双方在劳动合同文本上签字或者盖章后，是具有法律效力的。

此外，劳动合同文本应当由用人单位和劳动者各执一份。这是为了保障劳动者的权益，确保在发生纠纷时，劳动者能够有证据来维护自己的合法权益。如果劳动者手中没有劳动合同文本，一旦发生纠纷，可能会增加维权的难度。因此，我建议您在签订劳动合同后，一定要留存一份在自己的手中。

最后，如果个体工商户没有与员工签订劳动合同，那么在认定双方是否存在劳动关系时，可以参照一些其他凭证，如工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录、用人单位向劳动者发放的能够证明身份的证件、劳动者填写的用人单位招工招聘记录、考勤记录以及其他劳动者的证言等。但这些凭证的收集和提供可能会相对复杂和困难，因此签订书面劳动合同仍然是最直接、最有效的保障双方权益的方式。

综上所述，个体工商户与员工签订的纸质劳动合同是有效的，并且我建议您在雇佣员工时，一定要签订书面劳动合同，并留存一份在自己的手中，以保障双方的合法权益。