核心结论：针对您描述的“房子实际归儿子所有，但产权登记在母亲名下，现想通过协议公证明确产权归属”的情况，需通过签订《房产归属协议》并进行公证来明确产权。以下是具体操作步骤及协议内容要点：

1. 协议签订主体：

   • 协议应由母亲（作为产权登记人）与儿子（作为实际产权人）双方共同签订。若涉及其他家庭成员（如父亲、其他子女等）的权益，建议一并参与协议签订，以避免未来可能出现的纠纷。

2. 协议内容要点：

   • 房产信息：明确房产的具体地址、面积、产权证号等基本信息。
   • 产权归属声明：母亲明确声明该房产虽登记在其名下，但实际产权归儿子所有，母亲仅作为名义上的产权人。
   • 权利与义务：
     • 母亲应承诺不擅自处分该房产（如出售、抵押等），并配合儿子办理相关产权变更手续。
     • 儿子应承担该房产的相关税费、维修等费用，并享有该房产的收益权。
   • 违约责任：明确若一方违反协议约定，应承担的法律责任，包括但不限于赔偿损失、恢复原状等。
   • 争议解决：约定若因协议履行发生争议，双方应首先协商解决；协商不成的，可向法院提起诉讼或申请仲裁。

3. 公证流程：

   • 准备材料：双方需准备身份证、户口本、房产证、协议文本等材料。
   • 申请公证：共同前往公证处申请公证，填写公证申请表，并提交相关材料。
   • 公证审查：公证处会对协议内容进行审查，确认双方意思表示真实、合法，且不违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 出具公证书：审查通过后，公证处会出具公证书，证明协议的真实性和合法性。

4. 注意事项：

   • 协议合法性：确保协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，否则可能导致协议无效。
   • 公证效力：公证可以增强协议的证据效力，但并非协议生效的必要条件。若双方对协议内容无异议，即使不公证，协议也具有法律效力。
   • 产权变更：若未来条件成熟（如儿子具备购房资格、双方协商一致等），建议及时办理产权变更手续，将房产过户至儿子名下，以彻底明确产权归属。

建议：在签订协议及办理公证前，建议咨询专业律师或公证员，以确保协议内容合法、有效，并符合双方的真实意愿。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。