结论：长期分居后，对方强行住在一起是否违法，需根据具体情况判断。若强行入住行为侵犯了你的居住权或构成骚扰，则可能违法。

详细分析：

1. 居住权角度：

   • 居住权是指对他人所有的住房及其附属设施占有、使用的权利。如果你对当前居住的房屋享有合法的居住权（例如，房屋为你个人所有，或你作为家庭成员基于婚姻关系享有居住权），那么对方未经你同意强行入住，可能构成对你居住权的侵犯。
   • 在这种情况下，你可以依据《民法典》中关于居住权的规定，要求对方停止侵害、排除妨碍，甚至可以通过法律途径维护自己的合法权益。

2. 骚扰与侵犯隐私角度：

   • 如果对方强行入住的行为伴随着对你的骚扰、威胁或侵犯你的隐私，那么这种行为不仅可能违法，还可能构成犯罪（如非法侵入住宅罪、寻衅滋事罪等）。
   • 非法侵入住宅罪是指违背住宅内成员的意愿或无法律依据，进入公民住宅，或进入后要求退出的而拒不退出的行为。如果对方强行入住且拒不退出，你可能可以向公安机关报案，要求追究其刑事责任。

3. 婚姻关系与分居协议角度：

   • 如果你们之间存在婚姻关系，但已经分居，并且签订了分居协议，那么分居协议中可能对双方的居住安排有明确约定。如果对方违反分居协议强行入住，你可以依据协议要求对方履行义务或承担违约责任。
   • 即使没有签订分居协议，如果分居事实已经存在，并且双方对居住安排有默契或口头约定，对方强行入住也可能构成对默契或约定的违反，你可以据此要求对方停止侵害。

建议：

• 首先，尝试与对方沟通，明确表达你的意愿和立场，要求对方停止强行入住的行为。
• 如果沟通无果，你可以考虑寻求法律帮助，包括咨询律师、向公安机关报案或提起民事诉讼等。
• 在处理此类问题时，务必保留好相关证据（如分居协议、沟通记录、报警记录等），以便在需要时证明自己的权益。

后续行动：

• 如果你决定采取法律行动，建议尽快咨询专业律师，以便根据你的具体情况制定合适的法律策略。
• 在处理过程中，保持冷静和理性，避免与对方发生不必要的冲突或争执。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。