结论：男方在协议约定给2000抚养费后，又要起诉要求降低至1000，是否能赢，这取决于多种因素，无法直接给出肯定或否定的答案。以下从不同角度进行分析：

一、协议的法律效力

首先，需要明确的是，双方签订的抚养费协议是具有法律效力的。根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，如果男方想要降低抚养费，需要证明存在法定或约定的变更事由。

二、变更抚养费的法定事由

1. 经济状况显著变化：如果男方能够证明其经济状况发生了显著变化，如失业、重大疾病等，导致无法继续承担原定的抚养费标准，那么法院可能会考虑调整抚养费。但需要注意的是，这种变化必须是显著的，且男方需要提供充分的证据来证明。

2. 子女实际需要变化：如果子女的实际需要发生了变化，如教育、医疗等费用的增加或减少，也可能成为调整抚养费的依据。但同样，男方需要提供证据来证明这种变化。

3. 其他正当理由：除了上述两种情况外，如果存在其他正当理由，如男方与子女的关系恶化、子女已成年或具备独立生活能力等，也可能成为调整抚养费的考虑因素。

三、法院的裁判原则

在审理此类案件时，法院会遵循以下原则：

1. 保障子女利益：法院会优先考虑子女的利益，确保子女的生活和教育不受影响。因此，如果男方提出的降低抚养费的请求会损害子女的利益，法院很可能会驳回其请求。

2. 公平合理：法院会综合考虑双方的经济状况、子女的实际需要以及当地的生活水平等因素，确保抚养费的调整既公平又合理。

3. 尊重协议约定：在双方没有法定或约定的变更事由的情况下，法院会尊重双方签订的协议，不会轻易变更抚养费的标准。

四、建议与风险提示

1. 收集证据：如果男方确实存在经济困难或其他正当理由需要降低抚养费，建议其积极收集相关证据，如失业证明、医疗证明等，以支持其请求。

2. 协商沟通：在提起诉讼前，建议男方先与女方进行协商沟通，尝试通过友好方式解决争议。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。

3. 风险提示：需要注意的是，即使男方提起了诉讼，也不一定能够成功降低抚养费。法院会根据具体情况进行裁判，如果男方无法提供充分的证据来证明其请求的合理性，那么其请求很可能会被驳回。

综上所述，男方在协议约定给2000抚养费后，又要起诉要求降低至1000，是否能赢取决于多种因素。如果男方能够提供充分的证据来证明其存在法定或约定的变更事由，且法院认为调整抚养费既公平又合理且不会损害子女的利益，那么其请求有可能会得到支持。但无论如何，建议男方在提起诉讼前先咨询专业律师的意见，并积极收集相关证据以支持其请求。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。