居间费的收取方式并非固定，既可以是按工程签订协议数额的百分比收取，也可以是按纯利的百分比收取，具体取决于双方之间的约定以及相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
按工程签订协议数额百分比收取：
- 约定优先：在居间合同中，双方可以明确约定居间费按照工程签订协议数额的一定百分比来收取。这种约定方式在建设工程领域较为常见，因为它相对简单明了，便于计算和执行。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于居间合同的规定，居间人促成合同成立的，委托人应当按照约定支付报酬。因此，只要双方约定明确且不违反法律法规的强制性规定，这种收取方式就是合法的。
按纯利百分比收取：
- 约定可能性：虽然不如按工程签订协议数额百分比收取常见，但双方也可以在居间合同中约定居间费按照工程纯利的一定百分比来收取。这种约定方式可能更侧重于居间人对于工程实际盈利的贡献。
- 计算复杂性：然而，按纯利百分比收取居间费可能涉及更复杂的计算过程，因为需要确定工程的纯利数额。这可能需要双方在合同中明确纯利的计算方法，或者约定由第三方机构进行审计和确认。
- 法律风险：此外，如果双方对于纯利的计算存在争议，或者无法达成一致意见，可能会引发法律纠纷。因此，在选择这种收取方式时，双方需要更加谨慎地考虑和约定相关条款。
法律建议：
- 明确约定：无论选择哪种收取方式，双方都应当在居间合同中明确约定居间费的计算方法、支付时间、支付方式等关键条款。这有助于避免后续的法律纠纷和争议。
- 合法合规：在约定居间费时，双方需要确保相关条款不违反法律法规的强制性规定。例如，居间费的收取比例应当合理，不得过高或过低，以免被认定为不公平的交易条款。
- 咨询专业律师：由于居间合同涉及复杂的法律关系和利益分配问题，因此建议双方在签订合同前咨询专业律师的意见。律师可以根据双方的具体情况和需求，提供针对性的法律建议和解决方案。
可能后果：
- 如果双方未能在居间合同中明确约定居间费的收取方式或相关条款存在争议，可能会引发法律纠纷和诉讼。这不仅会耗费双方的时间和精力，还可能对双方的商业信誉和合作关系造成负面影响。
- 如果居间费的收取方式违反了法律法规的强制性规定或被认定为不公平的交易条款，相关条款可能会被法院宣告无效或撤销。这可能导致居间人无法获得预期的报酬或委托人需要承担额外的法律责任。
因此，在签订居间合同时，双方应当谨慎考虑并明确约定居间费的收取方式及相关条款，以确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。